Glossario Analitico del Laboratorio di Genomica e Bioinformatica con Galaxy
Allineamento delle sequenze: Processo che identifica le posizioni corrispondenti in due o più sequenze, spesso per determinare una similarità funzionale o evolutiva.
Analisi di pathway: Studio delle interazioni e reazioni metaboliche in una cellula, contribuendo alla comprensione di come funzionano insieme.
Annotazione genica: Attribuzione di informazioni a sequenze geniche identificate, come funzione e localizzazione.
Assembly del genoma: Ricostruzione di una sequenza genomica completa da frammenti sequenziati.
Bioinformatica: Disciplina che combina biologia e informatica per analizzare e interpretare dati biologici.
BLAST: Tool per comparare una sequenza di input con un database di sequenze, identificando sequenze simili.
ChIP-Seq: Tecnica utilizzata per analizzare le interazioni tra DNA e proteine.
Data mining: Estrazione di informazioni utili da grandi set di dati.
Database biologici: Archivi digitali che contengono sequenze di DNA, proteine e altre informazioni correlate.
DNA-seq: Sequenziamento del DNA per identificare varianti genomiche.
Espressione genica: Processo attraverso il quale le informazioni ereditarie in un gene sono utilizzate nella sintesi di una molecola funzionale, generalmente proteine.
FASTA: Formato di file utilizzato per rappresentare sequenze di nucleotidi o aminoacidi.
Genoma: L'insieme completo del DNA di un organismo.
Genotipizzazione: Determinazione delle varianti genetiche di un individuo.
Genomico: Relativo all'intero genoma di un organismo.
Galaxy: Piattaforma open-source per l'analisi di dati genomici.
Heatmap: Rappresentazione grafica dei dati dove i singoli valori sono rappresentati come colori.
Illumina: Una delle principali piattaforme di sequenziamento di nuova generazione.
In silico: Analisi eseguita al computer su dati biologici.
Metagenomica: Studio dei genomi di comunità microbiche prelevate direttamente dal loro ambiente.
Microarray: Tecnologia utilizzata per studiare l'espressione di migliaia di geni contemporaneamente.
NGS (Sequenziamento di Nuova Generazione): Tecnologie che permettono di sequenziare DNA e RNA molto più rapidamente e a basso costo rispetto ai metodi precedenti.
Ontologia: Studio delle categorie di cose e delle loro relazioni.
Pangenoma: L'insieme completo di geni presenti in una specie.
Pathway: Serie di azioni tra molecole in una cellula che porta a un certo prodotto o cambiamento nella cellula.
PCA (Principal Component Analysis): Metodo statistico per ridurre la dimensionalità dei dati conservando la maggior parte delle informazioni.
Proteomica: Studio di insiemi larghi di proteine, in particolare delle loro funzioni e strutture.
RNA-seq: Sequenziamento dell'RNA per studiare l'espressione genica.
SNP (Single Nucleotide Polymorphism): Una variazione di un singolo nucleotide che si verifica in una posizione specifica del genoma.
Transcriptoma: L'insieme completo di trascritti RNA in una cellula.
Workflow: Una serie di passaggi computazionali per eseguire un'analisi.
Visualizzazione dei dati: Rappresentazione grafica dei dati.
Variant calling: Processo per identificare varianti da sequenze di nuova generazione.
Data set: Una raccolta di dati.
Omica: Studio globale e simultaneo di un insieme di molecole biologiche in un sistema biologico.
Pipeline: Serie di passaggi computazionali automatizzati.
Server: Un sistema informatico che fornisce funzionalità ad altri computer o client.
Software: Programmi e altre informazioni utilizzate dai computer.
Analisi statistica: Valutazione dei dati utilizzando metodi statistici per dedurre relazioni.
Metadati: Dati che descrivono altri dati.
Interfaccia utente: Punto di interazione tra l'utente e un sistema informatico.
Algoritmo: Un insieme di regole o procedure per risolvere un problema.
Base di dati: Una collezione organizzata di dati.
Codice: Istruzioni scritte in un linguaggio di programmazione.
Debugging: Processo di individuazione e correzione di errori in un codice.
Framework: Struttura di supporto su cui un software può essere organizzato e progettato.
Host: Computer o sistema su cui gira un'applicazione o un sito web.
Integrazione: Processo di combinazione di diverse componenti di software in un sistema unificato.
Jupyter Notebook: Ambiente open-source per la creazione e condivisione di documenti che contengono codice, equazioni, visualizzazioni e testo.
Kernel: Componente centrale di un sistema operativo che gestisce operazioni a basso livello come la gestione della memoria e delle periferiche.
Questo glossario rappresenta un insieme di termini fondamentali e concetti chiave nel campo della genomica e bioinformatica, particolarmente quando utilizzati in contesto con la piattaforma Galaxy.
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