Giorno 5: Analisi delle Sequenze e Allineamento con Galaxy
Obiettivo: Introdurre gli studenti all'analisi delle sequenze genomiche, fornire una comprensione di base sull'allineamento delle sequenze e come Galaxy può essere utilizzato per eseguire queste analisi.
Materiale necessario:
Slides sull'analisi delle sequenze e sull'allineamento.
Computer con accesso a Internet per ogni studente.
Tutorial interattivi o guide step-by-step per le analisi di allineamento su Galaxy.
Dataset di esempio per dimostrazioni e esercizi pratici: sequenze genomiche da allineare.
Suddivisione oraria:
Introduzione all'Analisi delle Sequenze (30 minuti):
Cos'è l'analisi delle sequenze e perché è fondamentale nella genomica.
Tipi di sequenze: DNA, RNA, proteine.
Concetti di base come ORF (Open Reading Frame), codoni e antisenso.
Allineamento delle Sequenze: Teoria e Applicazioni (45 minuti):
Che cos'è l'allineamento delle sequenze e perché è importante.
Differenza tra allineamento pairwise e multiple.
Utilizzo dell'allineamento nelle analisi evolutive, identificazione di geni e funzioni.
Pausa (15 minuti)
Pratica con Galaxy: Allineamento delle Sequenze (1 ora e 30 minuti):
Panoramica degli strumenti di allineamento disponibili su Galaxy.
Esercizio guidato: allineamento di sequenze genomiche utilizzando Galaxy.
Interpretazione dei risultati dell'allineamento.
Elementi di Gamification e Riflessione (30 minuti):
Quiz interattivo sull'analisi delle sequenze e sull'allineamento.
Discussione aperta su come l'allineamento può rivelare relazioni evolutive o identificare geni di interesse.
Nel quinto giorno, gli studenti avranno l'opportunità di immergersi nel cuore dell'analisi genomica: l'analisi delle sequenze. La combinazione di lezioni teoriche e sessioni pratiche garantisce che gli studenti non solo comprendano i concetti, ma siano anche capaci di applicarli usando strumenti avanzati come Galaxy. Questo giorno pone le basi per ulteriori analisi e studi più approfonditi nei giorni successivi.
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