Giorno 5: Analisi delle Sequenze e Allineamento con Galaxy
Obiettivo: Introdurre gli studenti all'analisi delle sequenze genomiche, fornire una comprensione di base sull'allineamento delle sequenze e come Galaxy può essere utilizzato per eseguire queste analisi.
Materiale necessario:
Slides sull'analisi delle sequenze e sull'allineamento. Computer con accesso a Internet per ogni studente. Tutorial interattivi o guide step-by-step per le analisi di allineamento su Galaxy. Dataset di esempio per dimostrazioni e esercizi pratici: sequenze genomiche da allineare. Suddivisione oraria:
Introduzione all'Analisi delle Sequenze (30 minuti): Cos'è l'analisi delle sequenze e perché è fondamentale nella genomica. Tipi di sequenze: DNA, RNA, proteine. Concetti di base come ORF (Open Reading Frame), codoni e antisenso. Allineamento delle Sequenze: Teoria e Applicazioni (45 minuti): Che cos'è l'allineamento delle sequenze e perché è importante. Differenza tra allineamento pairwise e multiple. Utilizzo dell'allineamento nelle analisi evolutive, identificazione di geni e funzioni. Pratica con Galaxy: Allineamento delle Sequenze (1 ora e 30 minuti): Panoramica degli strumenti di allineamento disponibili su Galaxy. Esercizio guidato: allineamento di sequenze genomiche utilizzando Galaxy. Interpretazione dei risultati dell'allineamento. Elementi di Gamification e Riflessione (30 minuti): Quiz interattivo sull'analisi delle sequenze e sull'allineamento. Discussione aperta su come l'allineamento può rivelare relazioni evolutive o identificare geni di interesse. Nel quinto giorno, gli studenti avranno l'opportunità di immergersi nel cuore dell'analisi genomica: l'analisi delle sequenze. La combinazione di lezioni teoriche e sessioni pratiche garantisce che gli studenti non solo comprendano i concetti, ma siano anche capaci di applicarli usando strumenti avanzati come Galaxy. Questo giorno pone le basi per ulteriori analisi e studi più approfonditi nei giorni successivi.
