Giorno 7: Allineamento e Analisi Differenziale delle Espressioni con Galaxy
Obiettivo: Familiarizzare gli studenti con il processo di allineamento delle letture RNA-seq e condurli attraverso l'analisi differenziale delle espressioni per identificare i geni che mostrano variazioni significative tra le condizioni sperimentali.
Materiale necessario:
Slides sull'allineamento delle letture e l'analisi differenziale delle espressioni. Computer con accesso a Internet per ogni studente. Tutorial interattivi o guide step-by-step per l'analisi differenziale delle espressioni su Galaxy. Dataset di esempio già menzionato nel Giorno 6. Suddivisione oraria:
Introduzione all'Allineamento delle Letture (45 minuti): Panoramica degli allineatori più comuni per RNA-seq. Importanza dell'allineamento preciso per analisi successive. Sfide associate all'allineamento, come letture multimappanti. Pratica con Galaxy: Allineamento delle Letture (1 ora): Esercizio guidato: Utilizzo di Galaxy per allineare le letture RNA-seq a un genoma di riferimento. Verifica dell'output dell'allineamento e comprensione dei risultati. Introduzione all'Analisi Differenziale delle Espressioni (30 minuti): Cos'è l'analisi differenziale delle espressioni e perché è importante? Come funzionano i principali strumenti e metodi statistici per identificare i geni differenzialmente espressi. Pratica con Galaxy: Analisi Differenziale delle Espressioni (1 ora): Esercizio guidato: Utilizzo di Galaxy per eseguire un'analisi differenziale delle espressioni sul dataset di esempio. Interpretazione dei risultati e identificazione dei geni significativamente differenzialmente espressi tra le condizioni sperimentali. Elementi di Gamification e Discussione (15 minuti): Quiz interattivo o gioco sulla comprensione dell'analisi differenziale delle espressioni. Confronto e discussione sui risultati ottenuti dal gruppo. Alla fine del Giorno 7, gli studenti avranno acquisito le competenze per eseguire un'analisi RNA-seq completa dalla fase di allineamento all'identificazione di geni differenzialmente espressi. Essi avranno anche una solida comprensione teorica dietro queste fasi e delle sfide associate. I giorni successivi possono poi concentrarsi sull'interpretazione funzionale dei risultati e su metodi più avanzati di analisi.
