DAY 7

Giorno 7: Allineamento e Analisi Differenziale delle Espressioni con Galaxy

Obiettivo: Familiarizzare gli studenti con il processo di allineamento delle letture RNA-seq e condurli attraverso l'analisi differenziale delle espressioni per identificare i geni che mostrano variazioni significative tra le condizioni sperimentali.

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Materiale necessario:

Slides sull'allineamento delle letture e l'analisi differenziale delle espressioni.

Computer con accesso a Internet per ogni studente.

Tutorial interattivi o guide step-by-step per l'analisi differenziale delle espressioni su Galaxy.

Dataset di esempio già menzionato nel Giorno 6.

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Suddivisione oraria:

Introduzione all'Allineamento delle Letture (45 minuti):

Panoramica degli allineatori più comuni per RNA-seq.

Importanza dell'allineamento preciso per analisi successive.

Sfide associate all'allineamento, come letture multimappanti.

Pratica con Galaxy: Allineamento delle Letture (1 ora):

Esercizio guidato: Utilizzo di Galaxy per allineare le letture RNA-seq a un genoma di riferimento.

Verifica dell'output dell'allineamento e comprensione dei risultati.

Pausa (15 minuti)

Introduzione all'Analisi Differenziale delle Espressioni (30 minuti):

Cos'è l'analisi differenziale delle espressioni e perché è importante?

Come funzionano i principali strumenti e metodi statistici per identificare i geni differenzialmente espressi.

Pratica con Galaxy: Analisi Differenziale delle Espressioni (1 ora):

Esercizio guidato: Utilizzo di Galaxy per eseguire un'analisi differenziale delle espressioni sul dataset di esempio.

Interpretazione dei risultati e identificazione dei geni significativamente differenzialmente espressi tra le condizioni sperimentali.

Elementi di Gamification e Discussione (15 minuti):

Quiz interattivo o gioco sulla comprensione dell'analisi differenziale delle espressioni.

Confronto e discussione sui risultati ottenuti dal gruppo.

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Alla fine del Giorno 7, gli studenti avranno acquisito le competenze per eseguire un'analisi RNA-seq completa dalla fase di allineamento all'identificazione di geni differenzialmente espressi. Essi avranno anche una solida comprensione teorica dietro queste fasi e delle sfide associate. I giorni successivi possono poi concentrarsi sull'interpretazione funzionale dei risultati e su metodi più avanzati di analisi.

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