Giorno 2: Immergersi in Galaxy e Introduzione al Workflow
Obiettivo: Familiarizzare gli studenti con l'interfaccia Galaxy, i principali strumenti disponibili e introdurre l'idea di un "workflow" in bioinformatica.
Materiale necessario:
Slides con dettagli sugli strumenti e workflow.
Computer con accesso a Internet per ogni studente.
Esempi di dataset da caricare in Galaxy per la pratica.
Tutorial interattivi o guide step-by-step per Galaxy.
Suddivisione oraria:
Ripasso e Q&A sulla giornata precedente (15 minuti):
Ripasso veloce dei concetti chiave del giorno 1.
Risposta a eventuali domande rimaste in sospeso.
Introduzione ai principali strumenti di Galaxy (45 minuti):
Panoramica degli strumenti più utilizzati nella genomica e bioinformatica disponibili in Galaxy.
Spiegazione delle categorie di strumenti e loro applicazioni.
Dimostrazione di come cercare e selezionare uno strumento.
Caricamento e gestione dei dati in Galaxy (30 minuti):
Come importare dati in Galaxy.
Gestione dei formati dei file.
Organizzazione e annotazione dei dataset.
Pausa (15 minuti)
Creazione di un workflow di base in Galaxy (45 minuti):
Cosa significa "workflow" in bioinformatica.
Vantaggi di un workflow rispetto alle singole analisi.
Dimostrazione pratica: dalla selezione degli strumenti alla creazione di un semplice workflow.
Pratica guidata: creare il proprio workflow (30 minuti):
Gli studenti proveranno a creare un workflow basato su un esercizio proposto.
I tutor saranno disponibili per assistenza e domande.
Riflessione e gamification (30 minuti):
Discussione su come il workflow appena creato si intreccia con la "missione" o "sfida" presentata il giorno precedente.
Eventuali punti, badge o riconoscimenti da assegnare agli studenti in base alle loro prestazioni o contributi durante la giornata.
Il secondo giorno mira a fornire competenze pratiche agli studenti, permettendo loro di diventare autonomi nella navigazione e nell'utilizzo della piattaforma Galaxy. L'introduzione al concetto di workflow è fondamentale per far capire come si possono concatenare vari strumenti in una pipeline analitica.
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