Giorno 2: Immergersi in Galaxy e Introduzione al Workflow
Obiettivo: Familiarizzare gli studenti con l'interfaccia Galaxy, i principali strumenti disponibili e introdurre l'idea di un "workflow" in bioinformatica.
Materiale necessario:
Slides con dettagli sugli strumenti e workflow. Computer con accesso a Internet per ogni studente. Esempi di dataset da caricare in Galaxy per la pratica. Tutorial interattivi o guide step-by-step per Galaxy.
Suddivisione oraria:
Ripasso e Q&A sulla giornata precedente (15 minuti): Ripasso veloce dei concetti chiave del giorno 1. Risposta a eventuali domande rimaste in sospeso. Introduzione ai principali strumenti di Galaxy (45 minuti): Panoramica degli strumenti più utilizzati nella genomica e bioinformatica disponibili in Galaxy. Spiegazione delle categorie di strumenti e loro applicazioni. Dimostrazione di come cercare e selezionare uno strumento. Caricamento e gestione dei dati in Galaxy (30 minuti): Come importare dati in Galaxy. Gestione dei formati dei file. Organizzazione e annotazione dei dataset. Creazione di un workflow di base in Galaxy (45 minuti): Cosa significa "workflow" in bioinformatica. Vantaggi di un workflow rispetto alle singole analisi. Dimostrazione pratica: dalla selezione degli strumenti alla creazione di un semplice workflow. Pratica guidata: creare il proprio workflow (30 minuti): Gli studenti proveranno a creare un workflow basato su un esercizio proposto. I tutor saranno disponibili per assistenza e domande. Riflessione e gamification (30 minuti): Discussione su come il workflow appena creato si intreccia con la "missione" o "sfida" presentata il giorno precedente. Eventuali punti, badge o riconoscimenti da assegnare agli studenti in base alle loro prestazioni o contributi durante la giornata.
Il secondo giorno mira a fornire competenze pratiche agli studenti, permettendo loro di diventare autonomi nella navigazione e nell'utilizzo della piattaforma Galaxy. L'introduzione al concetto di workflow è fondamentale per far capire come si possono concatenare vari strumenti in una pipeline analitica.
