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Genomics and Bioinformatics
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ESERCIZI DEFINITIVI


Introduzione alla Genomica e alla Bioinformatica - (1 Giorno?)


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Introduction to Genomics and Galaxy → 2,5 ore
@Luciano Marino
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// il titolo è fuorviante, l’esercizio rientra nella parte DNA RNA SEQ ANALYSIS. Il nuovo titolo potrebbe essere “Fom Quality Control to Variant Identification: A Hands-On Guide to Genomic Data Analysis in Galaxy”

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https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/introduction/tutorials/galaxy-intro-strands/tutorial.html
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Il tutorial che hai fornito sembra coprire diversi aspetti della bioinformatica applicata alla genomica. Ecco come si potrebbe mappare il contenuto del tutorial ai 12 punti che abbiamo discusso:
Sequenziamento del DNA e RNA:
Corrispondenza nel tutorial: "Get human data" potrebbe riguardare l'acquisizione di dati di sequenziamento.
Assemblaggio del genoma:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Annotazione del genoma:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Analisi dell'espressione genica:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Studi di associazione genomica:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Comparazione di genomi:
Corrispondenza nel tutorial: "Split the genes into forward and reverse datasets" e "Check for overlaps" potrebbero riguardare la comparazione e l'analisi di geni.
Predizione della struttura delle proteine:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Analisi delle vie metaboliche:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Analisi di varianti genetiche:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Filogenetica:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Database genetici e bioinformatici:
Corrispondenza nel tutorial: "Get data into Galaxy" e "Examine the data" riguardano l'importazione, l'esame e la gestione dei dati all'interno della piattaforma Galaxy.
Sviluppo di software e algoritmi:
Corrispondenza nel tutorial: "Walk through the workflow tutorial" potrebbe riguardare l'apprendimento di come utilizzare e combinare diversi strumenti in Galaxy per creare un flusso di lavoro.
In sintesi, il tutorial sembra concentrarsi principalmente sull'uso della piattaforma Galaxy per gestire e analizzare dati genetici, con un particolare focus sulla comparazione di geni e sulla creazione di flussi di lavoro. Si colloca quindi principalmente nei punti 6 e 11, con riferimenti anche al punto 12.
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Analisi di sequenza di DNA e RNA → (2 giorni?)


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Quality Control → 90 minuti
@Claudio Miglionico
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https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/sequence-analysis/tutorials/quality-control/tutorial.html
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Il tutorial che hai fornito si concentra principalmente sull'analisi della qualità delle sequenze e sul preprocessing dei dati di sequenziamento. Ecco come si potrebbe mappare il contenuto del tutorial ai 12 punti che abbiamo discusso:
Sequenziamento del DNA e RNA:
Corrispondenza nel tutorial: "Inspect a raw sequence file" riguarda l'esame dei dati grezzi provenienti da sequenziatori.
Assemblaggio del genoma:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Annotazione del genoma:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Analisi dell'espressione genica:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Studi di associazione genomica:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Comparazione di genomi:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Predizione della struttura delle proteine:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Analisi delle vie metaboliche:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Analisi di varianti genetiche:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Filogenetica:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Database genetici e bioinformatici:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Sviluppo di software e algoritmi:
Corrispondenza nel tutorial: L'intero tutorial riguarda l'uso di diversi strumenti e software (come FASTQE, FastQC, Nanoplot, PycoQC) per analizzare e migliorare la qualità delle sequenze. Questo si riferisce all'uso di algoritmi e software specifici per analizzare i dati.
In sintesi, il tutorial si colloca principalmente nel punto 1, con un forte focus sull'analisi della qualità delle sequenze e sul preprocessing dei dati di sequenziamento, e nel punto 12, poiché utilizza diversi strumenti software per eseguire queste analisi.
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Mapping → 60 minuti
@Mariassunta Telesca
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https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/sequence-analysis/tutorials/mapping/tutorial.html
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Il tutorial che hai fornito si concentra sull'analisi e la visualizzazione delle sequenze mappate su un genoma di riferimento. Ecco come si potrebbe mappare il contenuto del tutorial ai 12 punti che abbiamo discusso:
Sequenziamento del DNA e RNA:
Non menzionato direttamente nel tutorial, ma il processo di mappatura delle letture implica che siano stati sequenziati.
Assemblaggio del genoma:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Annotazione del genoma:
Non menzionato direttamente nel tutorial, ma i browser del genoma come IGV e JBrowse sono spesso utilizzati per visualizzare le annotazioni.
Analisi dell'espressione genica:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Studi di associazione genomica:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Comparazione di genomi:
Corrispondenza nel tutorial: "Map reads on a reference genome" riguarda l'allineamento delle sequenze su un genoma di riferimento, che è una forma di comparazione.
Predizione della struttura delle proteine:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Analisi delle vie metaboliche:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Analisi di varianti genetiche:
Non menzionato direttamente nel tutorial, ma l'ispezione di un file BAM e la visualizzazione con un browser del genoma potrebbero essere utilizzate in questo contesto.
Filogenetica:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Database genetici e bioinformatici:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Sviluppo di software e algoritmi:
Corrispondenza nel tutorial: L'uso di strumenti specifici come IGV, JBrowse e il processo di mappatura delle letture su un genoma di riferimento implicano l'uso di algoritmi e software specifici.
In sintesi, il tutorial si colloca principalmente nei punti 6 e 12, con un focus sull'allineamento delle sequenze su un genoma di riferimento e sulla visualizzazione dei risultati utilizzando specifici browser del genoma.
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SARS-CoV-2 Viral Sample Alignment and Variant Visualization → 60 minuti
@Claudio Miglionico
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https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/sequence-analysis/tutorials/sars-with-galaxy-on-anvil/tutorial.html
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Il tutorial che hai fornito si concentra sull'allineamento delle sequenze del virus SARS-CoV-2 e sulla visualizzazione delle varianti. Ecco come si potrebbe mappare il contenuto del tutorial ai 12 punti che abbiamo discusso:
Sequenziamento del DNA e RNA:
Corrispondenza nel tutorial: "The Sequencing Revolution" discute l'evoluzione e l'importanza del sequenziamento.
Assemblaggio del genoma:
Corrispondenza nel tutorial: "How do I put together my dataset of fragmented sequences into a full sequence?" suggerisce che ci potrebbe essere un'attività di assemblaggio, anche se non è esplicitamente menzionato.
Annotazione del genoma:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Analisi dell'espressione genica:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Studi di associazione genomica:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Comparazione di genomi:
Corrispondenza nel tutorial: "Alignment" e "Viewing aligned data" riguardano l'allineamento delle sequenze, che è una forma di comparazione.
Predizione della struttura delle proteine:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Analisi delle vie metaboliche:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Analisi di varianti genetiche:
Corrispondenza nel tutorial: "What is a Variant?" e l'obiettivo di esplorare visivamente le varianti nel campione di SARS-CoV-2 si riferiscono all'analisi delle varianti.
Filogenetica:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Database genetici e bioinformatici:
Corrispondenza nel tutorial: L'uso di Galaxy, una piattaforma bioinformatica, e l'importazione di dati in Galaxy.
Sviluppo di software e algoritmi:
Corrispondenza nel tutorial: L'uso di Galaxy, un'interfaccia basata su software, per eseguire analisi bioinformatiche.
In sintesi, il tutorial si colloca principalmente nei punti 1, 6, 9, 11 e 12, con un focus sull'allineamento delle sequenze del virus SARS-CoV-2, sulla visualizzazione delle varianti, sull'uso della piattaforma Galaxy e sulla comprensione dei concetti di base della bioinformatica e del sequenziamento.
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NCBI BLAST+ against the MAdLand - 15 minuti
@Mariassunta Telesca
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https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/sequence-analysis/tutorials/ncbi-blast-against-the-madland/tutorial.html
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arrow

sezione 2

Il tutorial che hai fornito si concentra sull'uso di NCBI BLAST+ per eseguire analisi di similarità contro il database MAdLandDB. Ecco come si potrebbe mappare il contenuto del tutorial ai 12 punti che abbiamo discusso:
Sequenziamento del DNA e RNA:
Non menzionato direttamente nel tutorial, ma l'uso di sequenze FASTA suggerisce che ci sono dati sequenziati.
Assemblaggio del genoma:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Annotazione del genoma:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Analisi dell'espressione genica:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Studi di associazione genomica:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Comparazione di genomi:
Corrispondenza nel tutorial: "Perform NCBI Blast+ on Galaxy" e "Blast output" riguardano la comparazione di sequenze utilizzando BLAST, che è uno strumento di comparazione di sequenze.
Predizione della struttura delle proteine:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Analisi delle vie metaboliche:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Analisi di varianti genetiche:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Filogenetica:
Non menzionato direttamente nel tutorial, ma BLAST può essere utilizzato in analisi filogenetiche.
Database genetici e bioinformatici:
Corrispondenza nel tutorial: "What is MAdLand DB?" e la descrizione di MAdLandDB indicano l'uso e la comprensione di un database bioinformatico specifico.
Sviluppo di software e algoritmi:
Corrispondenza nel tutorial: L'uso di Galaxy e NCBI BLAST+ indica l'uso di software specifici per eseguire analisi bioinformatiche.
In sintesi, il tutorial si colloca principalmente nei punti 1, 6, 11 e 12, con un focus sull'uso di BLAST per comparare sequenze, sulla comprensione e l'uso del database MAdLandDB e sull'uso della piattaforma Galaxy per eseguire analisi bioinformatiche.
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Analisi di Espressioni Genica e RNA-seq: (4 Giorni?)


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RNA-based RNA-Seq data analysis → 8 ore
@Mariassunta Telesca
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https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/transcriptomics/tutorials/ref-based/tutorial.html
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sezione 4

Il tutorial che hai fornito riguarda l'analisi dei dati RNA-Seq, che è una tecnica utilizzata per studiare l'espressione genica. Ecco come si potrebbe mappare il contenuto del tutorial ai 12 punti che abbiamo discusso:
Sequenziamento del DNA e RNA:
Corrispondenza nel tutorial: L'intero tutorial riguarda l'analisi dei dati RNA-Seq, che sono generati attraverso il sequenziamento dell'RNA.
Assemblaggio del genoma:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Annotazione del genoma:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Analisi dell'espressione genica:
Corrispondenza nel tutorial: L'obiettivo principale del tutorial è identificare geni o percorsi molecolari che sono espressi in modo differenziale tra diverse condizioni biologiche.
Studi di associazione genomica:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Comparazione di genomi:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Predizione della struttura delle proteine:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Analisi delle vie metaboliche:
Corrispondenza nel tutorial: L'analisi dei percorsi KEGG è una parte dell'analisi delle vie metaboliche.
Analisi di varianti genetiche:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Filogenetica:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Database genetici e bioinformatici:
Corrispondenza nel tutorial: Viene menzionato l'uso del NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) e del Sequence Read Archive (SRA) per ottenere dati originali.
Sviluppo di software e algoritmi:
Corrispondenza nel tutorial: Viene menzionato l'uso di vari strumenti e piattaforme, come DESeq2, per eseguire analisi bioinformatiche.
In sintesi, il tutorial si colloca principalmente nei punti 1, 4, 8, 11 e 12, con un focus sull'analisi dell'espressione genica, l'analisi delle vie metaboliche, l'uso di database bioinformatici e l'uso di software specifici per eseguire analisi bioinformatiche.
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RNA-seq Alignment with STAR → 90 min
@Mariassunta Telesca
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https://training.galaxyproject.org/training-material//topics/transcriptomics/tutorials/rna-seq-bash-star-align/tutorial.html
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sezione 4

l tutorial che hai fornito riguarda l'analisi dei dati RNA-Seq, con un focus sull'allineamento delle sequenze RNA e sulla stima del numero di letture per gene. Ecco come si potrebbe mappare il contenuto del tutorial ai 12 punti che abbiamo discusso:
Sequenziamento del DNA e RNA:
Corrispondenza nel tutorial: L'intero tutorial riguarda l'analisi dei dati RNA-Seq, che sono generati attraverso il sequenziamento dell'RNA.
Assemblaggio del genoma:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Annotazione del genoma:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Analisi dell'espressione genica:
Corrispondenza nel tutorial: L'obiettivo principale del tutorial è identificare geni o percorsi molecolari che sono espressi in modo differenziale tra diverse condizioni biologiche.
Studi di associazione genomica:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Comparazione di genomi:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Predizione della struttura delle proteine:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
Analisi delle vie metaboliche:
Non menzionato direttamente nel tutorial.
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