Giorno 9: Visualizzazione dei Dati Genomici e Introduzione a UCSC Genome Browser
Obiettivo: Familiarizzare gli studenti con gli strumenti di visualizzazione dei dati genomici e fornire loro una panoramica pratica del UCSC Genome Browser, uno strumento chiave per esplorare dati genomici e genetici.
Materiale necessario:
Slides sulla visualizzazione dei dati genomici e sulla panoramica del UCSC Genome Browser. Computer con accesso a Internet per ogni studente. Tutorial interattivi o guide step-by-step per l'uso del UCSC Genome Browser. Dataset di esempio dal Giorno 7 e 8, con geni differenzialmente espressi e annotazioni di pathway. Suddivisione oraria:
Introduzione alla Visualizzazione dei Dati Genomici (30 minuti): Perché è essenziale la visualizzazione dei dati in genomica? Tipi comuni di visualizzazioni in genomica (es. scatter plot, heatmaps, volcano plots). Esempi di come le visualizzazioni possono aiutare a interpretare i dati. Pratica con Galaxy: Creazione di Visualizzazioni (1 ora): Esercizio guidato: Utilizzo di Galaxy per creare visualizzazioni dei dati di espressione. Interpretazione e discussione delle visualizzazioni create. Introduzione al UCSC Genome Browser (45 minuti): Cos'è il UCSC Genome Browser e quali sono le sue caratteristiche principali? Esempi di come il Genome Browser può aiutare a interpretare e esplorare dati genomici. Pratica con UCSC Genome Browser (1 ora): Esercizio guidato: Navigazione attraverso il Genome Browser utilizzando i dati dell'esercizio precedente. Esplorazione delle funzionalità chiave e delle tracce disponibili, come geni annotati, varianti, regioni conservate e altre informazioni genomiche. Elementi di Gamification e Discussione (15 minuti): Sfida interattiva: individuare regioni specifiche o annotazioni utilizzando il Genome Browser. Discussione su come la visualizzazione dei dati può arricchire la comprensione dei dati genomici e sulla potenzialità del UCSC Genome Browser per la ricerca futura. Alla fine del Giorno 9, gli studenti avranno una solida comprensione dell'importanza della visualizzazione in genomica e delle potenti funzionalità offerte dal UCSC Genome Browser. Essi saranno equipaggiati con gli strumenti per esplorare autonomamente i dati genomici e genetici in un contesto di ricerca. Il giorno successivo potrebbe concentrarsi sull'approfondimento di altre piattaforme di visualizzazione o sull'analisi avanzata di dati genomici.
