DAY 10

Giorno 10: Approfondimenti sulla Bioinformatica e Networking in Biologia

Obiettivo: Introdurre gli studenti al concetto di reti in biologia e mostrare come possono essere utilizzate per studiare interazioni tra geni, proteine e altre molecole in un sistema biologico. Questo giorno servirà anche a consolidare le nozioni già apprese, mettendo in pratica quanto appreso nei giorni precedenti.

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Materiale necessario:

Slides sull'importanza delle reti in biologia e sugli strumenti bioinformatici di analisi delle reti.

Computer con accesso a Internet per ogni studente.

Tutorial interattivi o guide step-by-step per l'uso di strumenti di analisi delle reti come Cytoscape.

Dataset di esempio di interazioni proteina-proteina o di pathway di segnalazione.

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Suddivisione oraria:

Lezione sul Networking in Biologia (45 minuti):

Cosa sono le reti in biologia e perché sono importanti.

Esempi di reti in biologia: reti di espressione genica, reti metaboliche, reti di interazione proteina-proteina.

Introduzione a Cytoscape (30 minuti):

Cos'è Cytoscape e quali sono le sue funzionalità principali?

Come può essere utilizzato per visualizzare e analizzare reti biologiche.

Pausa (15 minuti)

Pratica con Cytoscape (1 ora e 15 minuti):

Esercizio guidato: Caricamento di un dataset di esempio in Cytoscape e visualizzazione di una rete.

Analisi delle proprietà della rete: nodi, collegamenti, cluster, ecc.

Esercizio individuale: Modifica della rete per mettere in evidenza determinate caratteristiche o pattern.

Integrazione di dati genomici con Cytoscape (1 ora):

Esercizio guidato: Come importare i dati genomici (ad es. dati di espressione genica) in Cytoscape e sovrapporli a una rete esistente.

Discussione su come l'analisi delle reti può offrire intuizioni sui processi biologici.

Elementi di Gamification e Discussione (15 minuti):

Sfida interattiva: Data una rete sconosciuta, gli studenti devono fare ipotesi sul suo significato biologico basandosi sulla sua struttura.

Discussione sul ruolo delle reti nella comprensione dei complessi sistemi biologici.

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Alla fine del Giorno 10, gli studenti avranno una comprensione chiara delle reti biologiche e di come possono essere utilizzate per analizzare e interpretare dati complessi. Avranno anche acquisito familiarità con uno strumento chiave come Cytoscape, che è ampiamente utilizzato in bioinformatica per la visualizzazione e l'analisi delle reti.

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