Giorno 6: Analisi delle Espressioni Geniche e Introduzione a RNA-seq con Galaxy
Obiettivo: Introdurre gli studenti al concetto di espressione genica, ai metodi per analizzarla e all'utilizzo di Galaxy per eseguire un'analisi RNA-seq di base.
Materiale necessario:
Slides sull'espressione genica e RNA-seq. Computer con accesso a Internet per ogni studente. Tutorial interattivi o guide step-by-step per le analisi RNA-seq su Galaxy. Dataset di esempio per dimostrazioni e esercizi pratici: campioni di RNA-seq da diverse condizioni sperimentali. Suddivisione oraria:
Introduzione all'Espressione Genica (30 minuti): Cosa significa quando un gene è "espresso"? Meccanismi di regolazione dell'espressione genica. Importanza dell'analisi dell'espressione genica nella ricerca biomedica e agricola. Panoramica su RNA-seq (45 minuti): Cosa è RNA-seq e come si differenzia da altre tecniche di analisi dell'espressione. Fasi chiave del processo di RNA-seq: dalla preparazione della libreria alla sequenziatura. Importanza del controllo di qualità e pre-processamento dei dati. Pratica con Galaxy: Inizio dell'Analisi RNA-seq (1 ora e 30 minuti): Panoramica degli strumenti RNA-seq disponibili su Galaxy. Esercizio guidato: caricamento dei dati di RNA-seq, controllo di qualità e pre-processamento. Introduzione all'allineamento delle letture RNA-seq sul genoma di riferimento. Elementi di Gamification e Discussione (30 minuti): Mini-gioco o quiz interattivo sulla regolazione dell'espressione genica e RNA-seq. Discussione sulle potenziali applicazioni e sfide dell'analisi dell'espressione genica nella ricerca attuale. Al termine del sesto giorno, gli studenti avranno una solida comprensione di cosa sia l'espressione genica e come possa essere studiata attraverso RNA-seq. Saranno anche familiarizzati con le prime fasi dell'analisi RNA-seq utilizzando Galaxy, preparandosi a esplorazioni più approfondite nei giorni successivi.
