Giorno 18: Introduzione all'Analisi dei Dati di Proteomica con Galaxy
Obiettivo: Durante questa giornata, gli studenti verranno introdotti al mondo della proteomica e alle tecniche di analisi dei dati di proteomica. Galaxy, che viene utilizzato come strumento principale, verrà impiegato per eseguire alcune di queste analisi.
Materiale necessario:
Slide e materiali illustrativi sulla proteomica e le tecniche di analisi delle proteine. Computer con accesso a Internet per ogni studente. Accesso alla piattaforma Galaxy. Dataset di esempio di proteomica. Suddivisione oraria:
Introduzione alla Proteomica (30 minuti): Che cosa sono le proteine e perché sono importanti? Panoramica delle tecniche di analisi delle proteine: spettrometria di massa, elettroforesi bidimensionale, ecc. L'importanza della proteomica nello studio delle malattie, nella ricerca di farmaci e in altri ambiti della biologia. Panoramica della Spettrometria di Massa (30 minuti): Fondamenti della spettrometria di massa nella proteomica. Preparazione dei campioni e introduzione ai dati prodotti. Analisi dei Dati di Proteomica su Galaxy (2 ore): Esercizio guidato: Caricamento di un dataset di proteomica su Galaxy. Identificazione e quantificazione delle proteine da dati grezzi. Analisi delle modificazioni post-traduzionali (ad esempio, fosforilazione). Integrazione dei dati proteomici con dati genomici e trascrittomici per una comprensione completa delle reti cellulari. Visualizzazione dei risultati: mappe di pathway, reti proteiche, ecc. Elementi di Gamification (45 minuti): Gioco/simulazione: Gli studenti sono sfidati a identificare proteine o pathway alterati basandosi su scenari simulati, come risposte cellulari a tossine o malattie. Discussione e riflessioni sul gioco: approfondimenti su come le modifiche proteiche influenzano la funzione cellulare e come queste possono essere correlate a malattie o a risposte fisiologiche. Riepilogo e Q&A (15 minuti): Riepilogo delle principali lezioni apprese durante la giornata. Sessione di domande e risposte per risolvere eventuali dubbi o approfondire temi specifici. Alla fine del Giorno 18, gli studenti avranno una solida comprensione della proteomica e delle tecniche di analisi dei dati di proteomica. Saranno anche pronti per integrare le loro conoscenze proteomiche con quelle genomiche e trascrittomiche, fornendo una panoramica completa delle complesse reti di regolazione che governano la funzione cellulare.
