DAY 18

Giorno 18: Introduzione all'Analisi dei Dati di Proteomica con Galaxy

Obiettivo: Durante questa giornata, gli studenti verranno introdotti al mondo della proteomica e alle tecniche di analisi dei dati di proteomica. Galaxy, che viene utilizzato come strumento principale, verrà impiegato per eseguire alcune di queste analisi.

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Materiale necessario:

Slide e materiali illustrativi sulla proteomica e le tecniche di analisi delle proteine.

Computer con accesso a Internet per ogni studente.

Accesso alla piattaforma Galaxy.

Dataset di esempio di proteomica.

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Suddivisione oraria:

Introduzione alla Proteomica (30 minuti):

Che cosa sono le proteine e perché sono importanti?

Panoramica delle tecniche di analisi delle proteine: spettrometria di massa, elettroforesi bidimensionale, ecc.

L'importanza della proteomica nello studio delle malattie, nella ricerca di farmaci e in altri ambiti della biologia.

Panoramica della Spettrometria di Massa (30 minuti):

Fondamenti della spettrometria di massa nella proteomica.

Preparazione dei campioni e introduzione ai dati prodotti.

Analisi dei Dati di Proteomica su Galaxy (2 ore):

Esercizio guidato: Caricamento di un dataset di proteomica su Galaxy.

Identificazione e quantificazione delle proteine da dati grezzi.

Analisi delle modificazioni post-traduzionali (ad esempio, fosforilazione).

Integrazione dei dati proteomici con dati genomici e trascrittomici per una comprensione completa delle reti cellulari.

Visualizzazione dei risultati: mappe di pathway, reti proteiche, ecc.

Pausa (15 minuti)

Elementi di Gamification (45 minuti):

Gioco/simulazione: Gli studenti sono sfidati a identificare proteine o pathway alterati basandosi su scenari simulati, come risposte cellulari a tossine o malattie.

Discussione e riflessioni sul gioco: approfondimenti su come le modifiche proteiche influenzano la funzione cellulare e come queste possono essere correlate a malattie o a risposte fisiologiche.

Riepilogo e Q&A (15 minuti):

Riepilogo delle principali lezioni apprese durante la giornata.

Sessione di domande e risposte per risolvere eventuali dubbi o approfondire temi specifici.

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Alla fine del Giorno 18, gli studenti avranno una solida comprensione della proteomica e delle tecniche di analisi dei dati di proteomica. Saranno anche pronti per integrare le loro conoscenze proteomiche con quelle genomiche e trascrittomiche, fornendo una panoramica completa delle complesse reti di regolazione che governano la funzione cellulare.

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