Giorno 17: Introduzione all'Espressione Genica e all'Analisi dei Dati di RNA-seq con Galaxy
Obiettivo: Durante questa sessione, gli studenti verranno introdotti al concetto di espressione genica e alla tecnologia di sequenziamento dell'RNA (RNA-seq). Impareranno come analizzare i dati di RNA-seq utilizzando la piattaforma Galaxy.
Materiale necessario:
Slide e materiali illustrativi sull'espressione genica e la tecnologia RNA-seq. Computer con accesso a Internet per ogni studente. Accesso alla piattaforma Galaxy. Dataset di esempio di RNA-seq. Suddivisione oraria:
Introduzione all'Espressione Genica (30 minuti): Cos'è l'espressione genica e perché è fondamentale? Regolazione dell'espressione genica: trascrizione e traduzione. Come le cellule regolano l'espressione genica in risposta a diversi segnali. Panoramica della Tecnologia RNA-seq (30 minuti): Cosa è l'RNA-seq e quali sono i suoi vantaggi rispetto ad altre tecniche? Applicazioni comuni dell'RNA-seq: studio dell'espressione differenziale, identificazione di trascritti alternativi, e altro. Pratica con i Dati di RNA-seq su Galaxy (2 ore): Esercizio guidato: Caricamento di un dataset di RNA-seq su Galaxy. Pre-processamento dei dati: filtraggio di qualità, allineamento con il genoma di riferimento. Quantificazione dell'espressione genica. Analisi dell'espressione genica differenziale: identificazione dei geni regolati al rialzo e al ribasso tra diversi campioni o condizioni. Visualizzazione dei risultati: creazione di heatmap, grafici MA e altri strumenti di visualizzazione. Elementi di Gamification (45 minuti): Gioco/simulazione: Gli studenti vengono sfidati a identificare cambiamenti nell'espressione genica basandosi su scenari simulati di risposta cellulare a diversi segnali o trattamenti. Discussione e riflessioni sul gioco: approfondimenti su come le cellule regolano l'espressione genica e come queste regolazioni influenzano la fisiologia e la patologia. Riepilogo e Q&A (15 minuti): Riepilogo delle principali lezioni apprese durante la giornata. Sessione di domande e risposte per chiarire dubbi o approfondire particolari argomenti. Al termine del Giorno 17, gli studenti avranno una solida comprensione dell'espressione genica e della tecnologia RNA-seq. Grazie alla piattaforma Galaxy, avranno anche acquisito competenze pratiche nell'analisi dei dati di RNA-seq, che rappresentano una componente fondamentale della bioinformatica moderna.
