DAY 17

Giorno 17: Introduzione all'Espressione Genica e all'Analisi dei Dati di RNA-seq con Galaxy

Obiettivo: Durante questa sessione, gli studenti verranno introdotti al concetto di espressione genica e alla tecnologia di sequenziamento dell'RNA (RNA-seq). Impareranno come analizzare i dati di RNA-seq utilizzando la piattaforma Galaxy.

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Materiale necessario:

Slide e materiali illustrativi sull'espressione genica e la tecnologia RNA-seq.

Computer con accesso a Internet per ogni studente.

Accesso alla piattaforma Galaxy.

Dataset di esempio di RNA-seq.

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Suddivisione oraria:

Introduzione all'Espressione Genica (30 minuti):

Cos'è l'espressione genica e perché è fondamentale?

Regolazione dell'espressione genica: trascrizione e traduzione.

Come le cellule regolano l'espressione genica in risposta a diversi segnali.

Panoramica della Tecnologia RNA-seq (30 minuti):

Cosa è l'RNA-seq e quali sono i suoi vantaggi rispetto ad altre tecniche?

Applicazioni comuni dell'RNA-seq: studio dell'espressione differenziale, identificazione di trascritti alternativi, e altro.

Pratica con i Dati di RNA-seq su Galaxy (2 ore):

Esercizio guidato: Caricamento di un dataset di RNA-seq su Galaxy.

Pre-processamento dei dati: filtraggio di qualità, allineamento con il genoma di riferimento.

Quantificazione dell'espressione genica.

Analisi dell'espressione genica differenziale: identificazione dei geni regolati al rialzo e al ribasso tra diversi campioni o condizioni.

Visualizzazione dei risultati: creazione di heatmap, grafici MA e altri strumenti di visualizzazione.

Pausa (15 minuti)

Elementi di Gamification (45 minuti):

Gioco/simulazione: Gli studenti vengono sfidati a identificare cambiamenti nell'espressione genica basandosi su scenari simulati di risposta cellulare a diversi segnali o trattamenti.

Discussione e riflessioni sul gioco: approfondimenti su come le cellule regolano l'espressione genica e come queste regolazioni influenzano la fisiologia e la patologia.

Riepilogo e Q&A (15 minuti):

Riepilogo delle principali lezioni apprese durante la giornata.

Sessione di domande e risposte per chiarire dubbi o approfondire particolari argomenti.

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Al termine del Giorno 17, gli studenti avranno una solida comprensione dell'espressione genica e della tecnologia RNA-seq. Grazie alla piattaforma Galaxy, avranno anche acquisito competenze pratiche nell'analisi dei dati di RNA-seq, che rappresentano una componente fondamentale della bioinformatica moderna.

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