Introduzione alla Genomica e alla Bioinformatica (10 ore)
Introduzione alla genetica molecolare e genomica
Panoramica della bioinformatica: definizione, applicazioni, software e database
Installazione e configurazione del software necessario (ad es. Galaxy, UCSC Genome Browser)
2. Analisi di sequenze di DNA e RNA (20 ore)
Teoria di sequenziamento del DNA: metodi Sanger e Next Generation Sequencing (NGS) Teoria dell'analisi delle sequenze: allineamento delle sequenze, BLAST
Pratica: allineamento delle sequenze, utilizzo del BLAST per l'identificazione di geni e proteine attraverso l'interfaccia di Galaxy
3.Genomica Comparativa (20 ore)
Teoria: Introduzione alla genomica comparativa, filogenesi molecolare
Pratica: utilizzo del UCSC Genome Browser per confrontare genomi di specie diverse Progetto: analisi comparativa di un gene specifico in diverse specie usando Galaxy
4. Analisi di Espressione Genica e RNA-seq (30 ore)
Teoria: Introduzione alla trascrizione e all'analisi dell'espressione genica, RNA-seq
Pratica: analisi dei dati RNA-seq con Galaxy
Progetto: identificazione di geni differenzialmente espressi in un set di dati RNA-seq utilizzando Galaxy
5. Introduzione alla Genomica Funzionale e ai GWAS (20 ore)
Teoria: Introduzione alla genomica funzionale, studi di associazione genome-wide (GWAS) Pratica: analisi dei dati GWAS e identificazione di varianti genetiche associate a malattie usando Galaxy
Progetto: analisi di un dataset GWAS e identificazione di SNP associati a un tratto o a una malattia utilizzando Galaxy
6. Elaborazione dei dati e Visualizzazione (20 ore)
Teoria: Introduzione alla visualizzazione dei dati, principi di statistica
Pratica: utilizzo di Galaxy per elaborare e visualizzare i dati genomici
Progetto finale: combinazione delle tecniche apprese per analizzare un set di dati genomici e presentare i risultati in un rapporto
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