A női meddőség másik nagy csoportjába olyan eltérések tartoznak, amelyek mechanikus úton teszik lehetetlenné a megtermékenyülést vagy a beágyazódást. Ezek lehetnek anatómiai és fejlődési rendellenességek (ivarszervi fejlődési zavarok), melyek meggátolhatják, hogy a hímivarsejtek eljuthassanak a petesejtig, illetve az embrió eljuthasson a méhüregig. Ide sorolhatók a hüvely, a méh és a petevezetők veleszületett eltérései (a szervek elégtelen kifejlődése vagy alaki deformitásai), továbbá olyan szövődményes szerzett betegségei, amelyek többnyire műtéti úton kezelhetők.
