지방세법 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호, 제186조 제1호, 같은 법 시행령 제79조 제1항 제2호(2006. 12. 30. 대통령령 제19817호로 개정되기 전의 것), 제94조 제1항, 제136조 제2항에 의하면, 교육을 목적으로 하는 학교법인이 그 사업에 사용하기 위하여 취득ㆍ등기하고 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 취득세ㆍ등록세ㆍ재산세를 부과하지 않도록 되어 있는바, 사립학교법 제28조와 같은 법 시행령 제12조 등 관계규정의 취지에 비추어 보면, 학교법인이 부동산을 그 사업에 (직접) 사용한다고 함은 당해 부동산의 사용용도가 학교법인의 교육사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다고 보아야 하고, 또한 위 각 법률조항 소정의 비영리사업자가 부동산을 그 사업에 직접 사용하는 것인지 아니면 수익사업에 사용하는 것인지의 여부는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 1994. 10. 28. 선고, 94누224 판결, 2002. 4. 26. 선고, 2000두3238 판결 등 참조).
위와 같은 법리를 전제로 살피건대, 앞서 본 바와 같이 이 사건 과세부분의 운영주체가 ○○연구원 내지 ○○레저산업일 뿐만 아니라, ○○대학교의 교직원, 학생들 역시 사용료를 지급하면서 이 사건 과세부분을 사용하고 있고, 이 사건 과세부분의 사용료가 동종 외부시설의 사용료와 비교하여 비영리적인 운영으로 인식될 만큼 현저히 싼 것으로는 보이지 아니하며, 이 사건 과세부분이 일반인에게 이용되지 못하도록 엄격히 통제되어 온 것으로 보이지도 아니하고, 또한 학생들을 위한 후생복지시설은 따로 기숙사 건물에 마련되어 있는 점 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 과세부분을 그 교육사업 자체에 직접 사용하는 것으로 볼 수 없고, 설령 원고 주장과 같이 이 사건 과세부분이 대학설립ㆍ운영규정 제4조 제1항 및 [별표 2]에 정한 ‘산학협력단의 부대시설’로서 ‘부속시설’에 해당한다고 하더라도, 위와 같은 방법으로 운영되고 있는 이 사건 과세부분을 두고 원고의 교육사업 자체에 직접 사용된다고 하기는 어려우며, 따라서 원고가 이 사건 과세부분을 그 사업에 직접 사용한다고 볼 수 없으므로, 이 점을 다투는 원고의 주장은 이유 없다.
(2) 이 사건 과세부분을 ○○대학교 ○○회관 등과 달리 취급하는 것이 형평에 반하는지 여부
○○대학교 ○○회관은 국가가 취득한 부동산으로서 취득세 등 지방세가 비과세된 경우에 해당하므로, 이 사건과 같이 학교법인이 그 사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산으로서 비과세되는 경우와는 그 비과세근거를 달리하고 있고, ○○대학교 ○○캠퍼스 기숙사 건물 내의 레스토랑 등은 주로 학생, 교직원들에 의하여 이용될 뿐만 아니라, 그 이용요금도 시중가격보다 저렴하며, 그 규모 또한 소규모여서, 이를 다수 객실과 연회장 등을 갖추고 사실상 호텔과 유사하게 운영되어 온 이 사건 과세부분과 동일하게 평가할 수는 없으므로, 이 사건 과세부분에 대하여 취득세, 등록세, 재산세 등을 부과하는 것이 형평에 반한다고 할 수는 없고, 따라서 이 점을 다투는 원고의 주장도 이유 없다.
(3) 공용면적의 안분
다만, 이 사건 과세부분 중 지하 1층의 연회장을 제외한 기계실, 전기실, 발전실 등 합계 843.45㎡와 지상 1층의 일식당, 커피숍, 컨벤션 홀, ○○ 사무실을 제외한 로비 등 758.74㎡는 원고와 ○○레저산업이 공동으로 사용한 것으로 보이므로, 그 공용면적을 원고와 ○○레저산업의 각 전용면적의 비율에 따라 안분하여 원고가 그 사업에 사용한 면적을 계산하여야 하는바, 이와 같이 공용면적을 안분하여 정당한 세액을 계산하면, 별지 제3 목록 기재와 같이 취득세 219,647,770원, 농어촌특별세 19,003,650원, 등록세 87,859,100원, 지방교육세 16,189,720원, 재산세 9,992,210원, 도시계획세 5,995,330원, 공동시설세 10,388,830원, 지방교육세 1,998,440원이 되므로, 이 사건 각 처분 중 이를 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.
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사업에 직접사용