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취득세

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3년내 직접사용


😗 3년 이내 목적사업에 직접사용하는 것으로 볼 수 없는 사례
📚 조심2013지57, 2013.10.07
【제목】
쟁점부동산 중 A, C구역의 경우 청구법인이 당해 토지를 취득할 당시 유예기간(3년) 내에 개발이 불가능하다는 사정을 알고 취득하였을 뿐만 아니라, 취득 이후에도 고유 업무에 직접 사용한 사실이 확인되지 아니하므로 정당한 사유로 보기는 어렵다 할 것이지만, B구역의 경우 학교법인의 목적사업에 직접 사용하기 위한 지속적 노력을 기울였으나 부득이 유예기간을 넘긴 것이므로 당해 목적사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 봄이 타당함 (경정)
【주문】
처분청이 2012.4.6. 부과고지한 취득세 ○○○, 농어촌특별세 ○○○, 등록세 ○○○, 지방교육세 ○○○, 합계 ○○○에 대하여 청구법인이 이의신청을 제기하여 ○○○가 2012.8.24. 취득세 ○○○, 농어촌특별세 ○○○, 등록세 ○○○, 지방교육세 ○○○, 합계 ○○○으로 경정결정한 처분은, OOOO OOO OOO OOO O OO-OO OOO,OOOO, OO O OOOO-O O,OOOO는 비과세대상으로 하고, 경상북도 ○○○는 과세대상으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.
【이유】
1. 처분개요
가. 청구법인은 2009.2.6. ○○○를 증여로 취득하고, 쟁점부동산이 (구)지방세법(2010.3.31. 전문개정 전, 이하 같다) 제107조 및 제127조 제1항에 규정된 “학교법인이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산”에 해당된다 하여 취득세 등을 비과세받았다.
나. 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 취득일(2009.2.6.)부터 3년 이내 정당한 사유 없이 학교 용도에 직접 사용하지 아니하였다 하여 쟁점부동산의 취득가액○○○에 (구)지방세법 제111조 및 제131조의 세율을 적용하여 산출한 취득세 ○○○, 농어촌특별세 ○○○, 등록세 ○○○, 지방교육세 ○○○, 합계 ○○○을 2012.4.6. 부과고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.6.27. ○○○에게 이의신청을 하였고, ○○○는 청구법인이 쟁점부동산 중 ○○○에서 지번분할된 ○○○ 지상에 2011.12.9. ○○○ 건축허가를 신청하여 2012.3.22. 건축허가를 받은 다음, 2012.6.18. 착공신고를 하고 2012.6.19. 착공신고필증을 교부받은 사실 등을 종합적으로 판단할 때 쟁점부동산 중 ○○○은 목적사업에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 볼 수 있다 하여 처분청이 부과고지한 위 취득세 등 합계 ○○○을 2012.8.24. 취득세 ○○○, 농어촌특별세 ○○○, 등록세 ○○○, 지방교육세 ○○○, 합계 ○○○으로 경정하는 결정을 하였다.
라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.11.22. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
청구법인은 2009.2.6. 쟁점부동산을 취득한 후 2009년 9월 내부보고된 개발계획에서 쟁점부동산 2,437,827㎡ 중 자연환경보전지역을 제외한 317,357㎡를 활용가능한 면적으로 판단하고, 쟁점부동산 중 OOOO OOO OOO OOO OOO-O 일대는 A구역으로 하여 ○○○ 등을 조성하기로 하고, ○○○ 일대는 B구역으로 하여 OOOOOOOOO(OO OOOOOOOOOOO OO) 등을 조성하기로 하여 ○○○ 신축을 위한 절차를 진행하였으며, 2011년 8월에는 자연환경보전지역 개발을 위한 ○○○을 수립하고, 2011년 11월에는 A, B구역에 대한 지번분할을 하였다.
청구법인은 이러한 일련의 과정에서 쟁점부동산을 학교 용도에 사용하기 위하여 최선을 다하였으나 쟁점부동산이 임야로서 자연녹지지역, 자연환경보전지역, 자연공원구역 등으로 용도상 사용이 제한되어 있는 점, 진입로 확보의 어려움, 개발 아이템선정에 장시간 소요, 고액의 개발비용에 따른 장기적 예산계획 등의 장애요인으로 부득이 유예기간 내에 그 용도에 직접 사용하지 못한 것이기 때문에 유예기간 내에 사용하지 못한 정당한 사유가 인정되고,
국세에서도 상속세 및 증여세법 시행령 제38조 제3항에 따라 쟁점부동산을 교육사업에 직접 사용하는데 장기간이 소요될 것으로 판단하고 부득이한 사유를 인정하여 2016년 2월까지 교육목적사업에 사용하도록 유예기간을 연장한 바 있으므로 지방세도 동일하게 정당한 사유를 인정하여야 한다.
나. 처분청 의견
청구법인은 쟁점부동산 취득일부터 2년 10개월이 지난 2011.12.26. 교육과학기술부장관에 장기보유신청을 하였고 과세유예기간종료일이 경과한 2012.2.8.이 되어서야 장기보유 인정을 받은 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점부동산을 취득하여 유예기간 내에 학교 용도에 직접 사용하지 못한 법령상의 장애나 행정관청의 사용금지ㆍ제한 등 외부적인 사유가 있었다고 보여 지지 아니하므로 이를 유예기간 내에 학교용도에 직접 사용하지 못한 부득이한 사유에 해당한다고 보기는 어렵다.
다만, 개발계획만 수립되어 있는 ○○○ 면적 등을 포함하여 쟁점부동산 전체를 유예기간 내에 사용하지 못한 정당한 사유로 인정하여야 한다는 주장은 이유없다 할 것이나, 청구법인은 ○○○ 신축기본계획안을 이사회에 상정하여 2010.12.28. 이사회에서 이를 의결하고, 2011.1.6. ㈜○○○와 신축설계용역계약을 체결하였으며, 2011.12.21. ○○○를 ○○○와 ○○○(B구역)로 분할하고 B구역에 대하여 유예기간 이내인 2011.12.9. ○○○ 신축허가신청을 하여 처분청으로부터 2012.3.22. 허가를 받아 2012.6.19. 착공신고필증을 교부받은 사실 등을 종합적으로 고려해 볼 때, ○○○ 개발면적 9,669㎡는 청구법인이 이를 고유업무에 사용하기 위하여 필요한 절차와 노력을 한 것으로 보여지므로 유예기간 내에 목적사업에 사용하지 못한 정당한 사유에 인정된다.
청구법인은 국세에서 교육과학기술부장관이 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 인하여 3년 이내에 전부 사용하는 것이 곤란한 경우라고 인정한 바와 같이 지방세도 동일하게 정당한 사유를 인정하여야 한다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다고 할 것인 바○○○,
상속세 및 증여세법 시행령 제38조 제3항에 따라 교육과학기술부장관이 사용기간의 유예를 인정하였다 하더라도 교육과학기술부장관은 쟁점부동산에 대하여 과세관청의 지위에 있는 것이 아니므로 국세에서 상속세 및 증여세법 시행령 제38조 제3항에 따른 부득이한 사유를 인정하였다고 하여 (구)지방세법 제107조에 따른 정당한 사유를 동일하게 인정할 수는 없다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
학교법인이 부동산을 취득한 후 유예기간(3년) 이내에 학교교육 목적사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부
나. 사실관계 및 판단
(1) 처분청의 제출자료 및 청구법인의 항변서 등에는 다음과 같은 사실들이 나타난다.
(가) 청구법인은 2009.2.6. 권○○로부터 무상기부약정에 의하여 쟁점부동산을 취득하고 2009.2.17. 청구법인 앞으로 소유권이전등기를 경료하였다.
(나) 청구법인의 쟁점부동산 취득 후 2009.9.17. 청구법인의 총장에게 보고된 쟁점부동산의 개발계획 및 주요경과내용은 다음과 같다.
① 쟁점부동산 2,437,827㎡ 중 317,357㎡는 자연녹지지역으로서 학교시설 또는 건축사업 등의 추진이 가능한 토지이며, 나머지 토지(2,120,470㎡)는 활용이 어려운 자연환경보전지역과 자연공원구역으로 지정되어 있음
② 단계별로 상황에 맞는 토지활용계획을 추진하되, 기부자의 기부목적에 부합하고 ○○○과 연계한 실버/의료/약품/저탄소 녹색성장산업 중심으로 지형적 여건을 최대한 활용하여 초기 투자금최소화, 민간자본유치 등의 방안을 마련하여 대학의 고유목적에 맞는 교육과 연구시설로 활용
(다) 청구법인은 2010.12.20. 쟁점부동산 중 ○○○ 일대에 ○○○ 신축기본계획안을 이사회에 상정하여 2010.12.28. 이사회에서 이를 원안대로 의결하였으며, 2011.1.6. ㈜○○○를 계약자로 하여 신축설계용역계약을 체결하였다.
(라) 청구법인은 2011.8.30. 쟁점부동산 중 ○○○ 일대에는 ○○○ 등을 조성하고, ○○○1 일대에는 이를 B구역으로 하여 ○○○ 시설 등을 조성하는 내용의 교육용기본재산 관리계획을 이사회에서 의결하였다.
(마) 청구법인의 쟁점부동산 취득 후 쟁점부동산의 지번분할 현황은 다음과 같다.
(바) 처분청은 2011.12.9. 쟁점부동산 중 ○○○ 지상의 ○○○ 신축에 대한 허가신청(대지면적 1,983㎡, 건축면적 380.26㎡, 연면적 601.53㎡, 일반철골구조 지상2층)을 받아 2012.3.22. 허가통지를 하였으며, 2012.6.18. 착공신고를 접수받아 2012.6.19. 착공신고필증을 교부하였다.
(사) (구)교육과학기술부장관이 작성한 ○○○에 의하면, 쟁점부동산은 자연환경보전지역 및 자연녹지지역에 해당되어 건축허가 및 주변 토지소유자들로부터 사용승낙을 받는 데 시일이 소요되는 등 불가피한 사유로 교육 및 연구시설 건축이 지연되는 사실이 인정되므로 당해 재산을 출연목적에 적합하게 사용하는 데 장기간이 소요될 것으로 판단되고, 또한 청구법인이 사업추진계획에 따라 교육 및 연구시설을 2016년 2월까지 건축하여 교육 및 연구목적으로 사용하기 위해 노력하고 있으므로 상속세 및 증여세법 제48조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제38조 제3항에 따라 “재산의 사용에 대하여 장기간을 요하는 사실이 인정된다”고 하였다.
(2) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련법령 등을 종합하여 살펴본다.
(가) (구)지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호, (구)지방세법 시행령(2010.9.20. 전문개정 전, 이하 같다) 제79조 제1항 제2호 및 제94조는 학교법인이 학교 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산 및 그 부동산에 대한 등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과하지 아니하되, 다만, 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과한다고 규정하고 있는 바,
동 규정에서 정당한 사유라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 사업에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다 하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다 하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것○○○이다.
(나) 쟁점부동산 중 A구역 125,405㎡(산 31-22)는 자연녹지지역으로서 청구법인은 ○○○, 운동장, 캠핑장, 텃밭 등을 계획하고 있으나 진입도로가 없어 개발허가가 불가하여 처분청과 지속적으로 진입로개설협의를 하고 있고, B구역 189,130㎡○○○는 자연녹지지역으로서 ○○○, 연구단지 및 연수원 등을 계획ㆍ추진 중에 있으며, 이 중 ○○○을 신축 중에 있는 9,669㎡는 이의신청 결정에서 비과세대상으로 이미 반영되었고, C구역 2,123,292㎡○○○는 자연환경보전지역으로서 ○○○ 조성계획이 수립되어 있는 사실 등이 제출된 관련자료에서 확인되고 있는 바,
먼저, A구역 125,405㎡에 대하여 보면, 청구법인은 A구역에 대하여 ○○○ 등으로 개발계획은 있으나 진입도로가 없어 개발허가가 불가능한 상황에서 진입로개설을 협의 중에 있다고 하나, 토지를 매입하는 등 적극적으로 진입로 개설협의를 하여 진입로 확보할 수 있었음에도 유예기간(3년)이 경과하도록 진입로를 확보하지 아니하는 등 해당 토지를 목적사업에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였다고 보기 어렵고, 쟁점부동산 취득 후 학교목적에 직접 사용하기 위하여 약용식물 등을 식재하였다거나 ○○○ 등을 조성하기 위하여 착공을 하는 등 구체적으로 직접 사용하고 있는 사실이 나타나지 아니하는 이상 A구역 토지를 학교 교육 목적사업에 직접 사용하는 부동산으로 보기는 어렵다 하겠고, 또한 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기도 어렵다고 하겠다.
다음으로, B구역 189,130㎡○○○에 대하여 보건대, 이의신청 결정에서 B구역 중 약용식물원 9,669㎡에 대하여는 정당한 사유를 인정하여 추징대상에서 이미 제외하였는 바, B구역 중 약용식물원 9,669㎡외의 지역도 동일한 진입로를 통하여 일단의 학생들의 실습지로 활용하려는 부지이므로 약용식물원 9,669㎡에 대하여만 건축하기 위하여 진입로를 확보한 것이라고 보기는 어려운 점, B구역은 자연녹지지역으로서 학교 법인의 목적사업에 직접 사용하기 위해서는 도시계획을 변경하여야 하므로 상당한 시간이 소요된다고 할 것인데 별첨 사업추진내역과 같이 청구법인은 학교교육사업에 직접 사용하기 위하여 지속적으로 정상적 노력을 다하였으나 부득이하게 유예기간을 넘긴 것으로 보여지는 점, (구)교육과학기술부장관이 장기사용인정서를 발급하면서 건축허가 및 주변토지 소유자들로부터 사용승낙을 받는 데 시일이 소요되는 등 불가피한 사유가 인정된다고 한 것은 주로 B구역 토지를 염두에 둔 것으로 볼 수 있는 점 등을 종합적으로 고려할 때, B구역의 토지는 학교법인의 목적사업에 직접 사용하기 위한 지속적 노력을 기울였으나 부득이 유예기간을 넘긴 것이므로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 봄이 타당하다고 하겠다.
마지막으로, C구역 2,123,292㎡에 대하여 보건대, C구역은 경사도가 급한 ○○○이고 자연환경보전지역으로서 용도구역이 제한되어 있어 학교법인이 목적사업에 직접 사용하기 위하여 개발이 불가한 토지라는 사실을 알고 취득하였다고 보여지는 점, 청구법인은 학교법인의 목적사업에 직접 사용하기 위하여 ○○○ 조성계획을 수립하였다고 하면서 자료를 제시하고 있으나 학교목적사업에 직접 사용하기 위하여 착공을 하였다거나 학생들의 실습장으로서 약용식물 등을 계획적으로 파종한 사실이 확인되지 않는 점 등을 종합적으로 고려하여 볼 때, C구역의 토지는 학교법인이 3년 이내에 목적사업에 직접 사용하지 않았으며, 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기도 어렵다 하겠다.
(다) 따라서, 쟁점토지 중 A구역과 C구역의 토지는 취득일로부터 3년 이내에 목적사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 인정되지 않는다 하겠으나, B구역의 토지는 유예기간 내에 목적사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 하겠으므로, 처분청이 2012.4.6. 부과고지한 취득세 등 합계 ○○○에 대하여 청구법인이 이의신청을 제기하여 경상북도지사가 2012.8.24. 취득세 등 합계 ○○○으로 경정결정한 처분은 일부 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
😗 개발제한구역 해제가 미뤄져 학교용도로 사용하지 못한 경우 “정당한 사유”에 해당하는지?
📚 도세-513, 2008.04.17
【제목】
그린벨트 해제를 제한 조건으로 학교설립계획 승인을 받았으나 개발제한구역 해제가 되지 않아 3년 이내에 학교용도를 사용하지 못한 경우 중단사유 등을 검토하여 정당한 사유 유무를 사실판단함
【질의】
《사실관계》
○ 2004. 8.25. : 학교설립계획 승인(2007.8.20.까지 개발제한구역이 해제되지 않을 경우 그 효력을 상실한다는 승인조건 부여)
○ 2004.12.31. : 학교부지 취득
○ 2005. 5.25. : 도시관리계획안 열람공고(고등학교 시설, 10,009㎡)
○ 2005.10. 8. : 교사 신축공사 건축물 설계계약 체결
○ 2007. 6. 8. : 승인조건인 개발제한구역 해제기한 연장 신청
○ 2007. 6.13. : 학교설립계획승인에 붙여진 기한연장 신청 거부(교육청)
○ 2007. 6.15. : 교육감을 상대로 행정처분 일부무효확인 소 제기
《질의》
학교법인이 학교설립계획승인을 받고 학교부지를 매입하여 일련의 절차를 진행하던 중에 학교설립계획승인 조건인 그린벨트 해제 기한을 연장 하는 신청이 교육청에서 거부되므로서 학교설립사업이 일시 중단되어 있는 경우, 토지 취득일부터 3년 내에 학교용도에 직접 사용하지 못한 “정당한 사유”로 볼 수 있는지 여부
【회신】
가. 지방세법 제107조 본문 및 제1호, 동법 제127조 제1항 본문 및 제1호에서 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득세ㆍ등록세를 부과하지 아니함. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일(등기일)부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세ㆍ등록세를 부과한다고 규정하고, 동법 시행령 제79조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다고 규정하고, 그 제2호에서 초ㆍ중등교육법 및 고등교육법에 따른 학교를 규정하고 있음.
나. 위 규정에서 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령ㆍ사실상의 장애사유 및 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지의 여부를 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것으로(대법원 97누5121, 1998.11.27. 참조),
다. 공익성이 있는 사업을 수행하는 비영리법인이라고 할지라도 토지를 취득할 당시 3년 이내에 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라도 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황하에서 토지를 취득하였고, 취득 후 3년 이내에 당해 토지를 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 당해 토지를 그 업무에 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유가 될 수 없다고 판결(대법원2001두229, 2002.9.4.참조)하고 있음을 감안해 볼 때,
라. 귀문의 경우 학교법인이 학교설립계획승인을 득한 후 학교부지를 매입하여 일련의 절차를 진행하던 중에 학교설립계획승인조건인 그린벨트 해제기한 연장 신청이 거부되므로서 학교설립사업이 일시 중단되어 토지 취득일부터 3년 내에 학교용도에 직접 사용하지 못한 경우라면, 그 중단사유가 법령상의 장애요인에 해당하는지, 취득 당시부터 그 장애사유를 알고 해소가 가능한 사항이었는지, 그 장애사유를 해소하지 못한 특별한 사정이 있는지 여부 등 사실관계를 종합적으로 판단하여 과세권자가 “정당한 사유”의 유무를 결정할 사항임.
😗 학교 토지이용계획 변경으로 인근 토지 추가매입과정에서 당초 취득한 부동산의 사업 직접사용기간(3년)이 경과한 경우 취득세 등 추징여부
📚 세정-6042, 2006.12.06
【제목】
단순히 학교내부에서 다른 교육시설로 사용하기 위하여 토지이용계획을 변경한 후 인근의 토지를 추가 매입하는 과정에서 당초 취득한 부동산의 유예기간 3년이 경과된 경우는 정당한 사유가 아님
【질의】
학교법인이 재학생들의 기숙사와 연구시설로 사용하기 위하여 2003.10.24. 학교인근의 부동산을 취득하였으나 2006.3월 당초 목적했던 교육시설이 아닌 다른 용도의 교육시설로 토지이용계획을 변경함에 따라 변경된 교육시설을 건축하기 위한 인근토지를 추가매입하는 과정에서 부득이 하게 당초 취득한 부동산의 유예기간 3년이 경과된 경우 정당한 사유가 있어 추징대상에서 제외되는지 여부
【회신】
가. 지방세법 제107조 및 그 제1호와 동법시행령 제79조 제1항 제2호 규정에 의한 초.중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산은 취득세등을 부과하지 아니하나 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 취득세 등을 부과한다고 규정하고 있음.
나. 상기 규정에 의한 “정당한 사유”란 취득한 토지를 고유목적 사업에 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용금지ㆍ제한 등 외부적이 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 고유목적에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 목적사업에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것이므로 학교법인이 고유목적에 사용하기 위하여 2003.10.24. 부동산을 취득한 후 고유목적에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 취득한 부동산을 당초 교육시설로 사용할 수 없는 행정관청의 사용금지ㆍ제한 등 외부적인 사유가 없이 토지취득일부터 2년5개월이 지난 2006.3월 단순히 학교내부에서 다른 교육시설로 사용하기 위하여 토지이용계획을 변경한 후 인근의 토지를 추가매입하는 과정에서 당초 취득한 부동산의 유예기간 3년이 경과된 경우라면 이는 상기 규정에 의한 정당한 사유에 해당하는 것으로 보기 어렵다 할 것임.

😗 각종 행정규제 등으로 신축부지 취득 후 유예기간 내에 사용하지 못한 경우
📚 세정-3283, 2006.07.26
【제목】
학교법인이 학교를 이전하기 위한 신축부지를 취득한 후 각종 행정규제 등으로 유예기간내에 사용하지 못한 경우 기 비과세한 취득세와 등록세의 추징여부 및 재산세의 과세대상 해당여부
【질의】
학교법인이 학교를 이전하기 위한 신축부지를 취득한 후 각종 행정규제 등으로 유예기간내에 사용하지 못한 경우 기 비과세한 취득세와 등록세의 추징여부 및 재산세의 과세대상 해당여부
【회신】
가. 지방세법 제107조 제1호와 제127조 제1항 제1호, 제186조 제1호 및 동법시행령 제79조 제1항 제2호에서 초ㆍ중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세 하도록 규정하고 있고, 당해 목적에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 비과세하나 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 취득세와 등록세 및 재산세를 과세한다고 규정하고 있음.
나. 상기 규정에 의한「정당한 사유」라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론, 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 외부적사유도 포함된다 할 것이나 그 정당한 사유의 유ㆍ무를 판단함에 있어서는 취득세의 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 또는 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 이를 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애유무 및 그 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유목적에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부와 관련 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 확인하여 「정당한 사유」여부를 판단하여야 할 것(대법원 93누6041, 1993.7.27.)인 바, 귀문의 경우가 이에 해당되는지 여부는 과세권자가 사실관계를 세부적으로 조사하여 기 비과세한 취득세와 등록세의 추징여부 및 재산세 과세대상 여부를 판단할 사항임.
😗 증여받은 건물에 기존 임차자가 있는 경우 고유목적사업에 직접사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 인정되는가?
📚 세정-2170, 2006.05.30
【제목】
학교교사로 직접 사용하기 위하여 제3자로부터 건물을 증여받았으나 증여받은 건물에 증여전 소유자와 임대차 계약을 체결한 임차자가 있는 경우 기존 임대차 계약이 만료되는 시점까지는 정당한 사유가 있는 것임
【질의】
교육인적자원부로부터 학교법인 설립허가를 받을 당시 제3자 소유의 건물을 증여받아 학교설립용 교사(校舍)로 사용하기로 한 후 설립 허가와 동시에 부동산을 증여받으면서 건물에 입주해 있는 기존세입자를 승계받은 경우 제3자에게 임대하여 고유목적에 사용하지 않는 것으로 보아 취득세 등의 비과세 대상에서 제외되는지 여부
【회신】
가. 지방세법 제107조 및 그 제1호와 동법 시행령 제79조 제1항 제2호 규정에 의한 초ㆍ중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자 가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산은 취득세 등을 부과하지 아니하나 취득일 부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 취득세 등을 부과한다고 규정하고 있음.
나. 교육인적자원부로부터 학교법인 설립인가를 받은 후 학교교사로 직접 사용하기 위하여 제3자로부터 건물을 증여받았으나 증여받은 건물에 증여전 소유자와 건물임대차 계약을 체결한 임차자가 있는 경우 기존 임대차 계약이 만료되는 시점까지는 학교법인의 고유목적에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다 할 것이나, 기존의 임차기간의 만료 후 새로운 임대차계약을 체결하는 경우에는 고유목적에 직접사용 하지 않는 정당한 사유가 있다 할 수 없으므로 취득세 등의 비과세 대상이 되지 않는다 할 것임.

😗 학교법인의 토지 취득 후 교육환경의 변화로 대학설립을 장기계획으로 전환함에 따라 유예기간 이내에 직접 사용하지 못한 경우
📚세정-659, 2006.02.14
【제목】
학교법인이 취득한 토지가 사용 유예기간을 초과한 경우 정당한 사유란 행정관청의 사용금지ㆍ제한이나 정상적인 노력에도 불구하고 객관적인 사유로 부득이 목적사업에 사용할 수 없는 경우를 의미함
【질의】
학교법인이 대학설립을 목적으로 2003.1월 토지를 취득하였으나, 교육환경의 악화, 신입생등록 미달, 학령인구 감소 등을 이유로 대학설립을 장기계획으로 전환함에 따라 토지취득 후 유예기간인 1년 이내에 학교고유목적에 직접 사용하지 못한 경우 정당한 사유에 해당되는지 여부
【회신】
가. 지방세법 제107조 및 그 제1호와 동법시행령 제79조 제1항 제2호에서 초ㆍ중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자가 그사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 비과세 하나, 취득일 부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일 부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다고 규정하고 있음.
나. 상기에서 규정하고 있는 “정당한 사유”란 법인이 토지를 취득한 후 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용금지ㆍ제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 토지를 고유목적에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 부득이 목적사업에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것이므로 귀문의 경우가 정당한 사유에 해당되는지 여부는 토지취득 후 대학설립허가신청 등 토지를 고유목적에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였는지 여부와 목적사업에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애사유가 있었는지 등을 과세권자가 사실관계를 면밀히 검토하여 판단할 사항임.
😗 교육부의 설립계획신청 반려는 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 “정당한 사유”에 해당하는가?
📚 세정-2791, 2005.09.22
【제목】
교육인적자원부장관의 설립계획신청 반려라는 사정만으로는 지방세법 제107조의 ‘정당한 사유’에 해당되지 않는다 할 것임
【질의】
대학의 일부학과를 설립(제2캠퍼스)할 목적으로 임야를 취득한 후 위치변경 계획서를 교육인적자원부에 제출하였으나 반려되어 유예기간내 고유목적에 사용할 수 없는 경우 정당한 사유에 해당되는지 여부
【회신】
가. 지방세법 제107조 및 제2호에서 제사ㆍ종교ㆍ학술 등과 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산은 취득세 등을 비과세 하나 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 취득세를 부과한다고 하고 있고, 동법 시행령 제79조 제1항 제2호의 초ㆍ중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자를 상기 대통령령이 정하는 비영리사업자로 규정하고 있음.
나. 상기 규정에서 「정당한 사유」란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론, 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애사유 및 장애정도, 취득한 토지를 고유목적에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 하나, 귀문의 경우와 같이 대학의 본 캠퍼스는 충청북도 영동군에 있고 제2캠퍼스(일부학과)를 충청남도 아산시에 설립하기 위하여 2002.3.28.∼2002.6.28.까지 충남 아산시 응봉면 동암리 일대 임야 등 토지 277,983㎡를 취득한 후 교육인적자원부에 설립계획을 허가요청 하였으나, 특정지역으로 지방대학의 일부이전이 집중됨에 따른 부작용 해소 및 현지 입학자원의 제반사정을 종합적으로 검토하여 추진하여야 할 사안을 이유로 2003.3.26. 반려됨에 따라 토지취득 후 유예기간내에 고유목적에 사용하지 않은 것은 물론, 2005.9.6. 비과세한 취득세 등을 추징시 까지 더 이상 승인신청 없이 방치하고 있는 것으로 확인되고 있는 바, 이는 귀 법인이 토지 취득전에 제2캠퍼스(일부학과) 설립을 위하여 교육인적자원부 등 관련 행정관청으로부터 설립계획 승인여부 등을 면밀히 검토하지 않는 귀책사유가 귀 법인에 있다할 것이고, 교육인적자원부장관의 설립계획신청 반려라는 사정만으로는 상기 지방세법 제107조의 「정당한 사유」에 해당되지 않는다 할 것이므로 취득 후 유예기간내에 고유목적에 사용하지 않은 부동산(임야)은 취득세 등의 추징대상이 된다 할 것임.

😗 “정당한 사유”의 판단 기준(대법원)이란?
📚 대법95누13104, 1996.01.26
【제목】
법시행령 제107조 소정의 '정당한 사유'란 외부적인 법령의 제한 등의 사유와 진지한 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없는 경우도 포함됨
【요약】
[1] 구지방세법(1991. 12. 14 법률 제4415호로 개정되기 전의 것) 제107조 소정의 "정당한 사유"란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함되고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하는 것이 타당함.
[2] 구지방세법 제107조 소정의 "직접 사용"의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하면 되고 취득세 중과대상인 법인의 비업무용 토지의 범위를 규정하고 있는 구지방세법시행령(1991. 12. 31 대통령령 제13536호로 개정되기 전의 것) 제84조의 4는 이에 적용될 여지가 없음.
[3] 학교법인이 그가 경영하는 고등학교의 다목적 강당 겸 특별활동시설의 신축부지로 사용하기 위하여 부동산을 매수 인도받아 그 부동산에 이미 있던 지상건물을 철거할 때까지 이를 학교의 특별활동교실, 야간경비를 위한 관리인의 숙소와 책걸상의 보수 등을 위한 작업실 및 그 부지로 사용한 이상 이는 그 고유목적에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는 한편, 취득일로부터 1년이 지날 동안 그에 대한 이전등기가 지연되었으며, 최초의 강당건축계획을 확대수정함에 따라 추가예산확보 등의 사유로 위 부동산취득 후 착공에 필요한 절차를 즉시 또는 일괄하여 밟지 아니하고 시차를 두어 절차가 진행되었더라도 강당부지의 취득으로부터 그 착공에 이르까지의 일련의 과정을 전체적으로 파악할 때 위 학교법인이 일련의 필요절차를 진지하고 꾸준하게 밟아 나간 것으로 봄이 상당하여 위 부동산을 그 목적사업에 직접 사용한 것이거나 또는 그 취득일로부터 1년 이내에 원래의 목적인 강당신축에 나아가지 못한데 정당한 사유가 있다고 본 사례
【판결이유】
【주문】
상고를 기각함. 상고비용은 피고의 부담으로 함.
【이유】
구지방세법(1991. 12. 14 법률 제4415호로 개정되기 전의 것) 제107조는 용도구분에 의한 취득세 비과세를 규정하면서 그 하나로 제1호에서 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 경우를 들고 있고, 본문 단서에서는 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다고 규정하고 있는 바, 위 규정 소정의 "정당한 사유"란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하는 것이 타당함(대법원 1991. 12. 27 선고 91누4515 판결, 1993. 2. 26 선고 92누8750 판결 등 참조). 그리고 위 규정 소정의 "직접 사용"의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하면 되고 취득세 중과대상인 법인의 비업무용 토지의 범위를 규정하고 있는 구지방세법시행령(1991. 12. 31 대통령령 제13536호로 개정되기 전의 것) 제84조의 4는 이에 적용될 여지가 없음(대법원 1994. 10. 28 선고 94누224 판결, 1995. 4. 14 선고 94누8211, 8228 판결 등 참조).
원심판결 이유에 의하면, 원심은 거시증거에 의하여 학교법인인 원고는 그가 경영하는 ○○고등학교의 다목적 강당 겸 특별활동시설의 신축부지로 사용하기 위하여 이 사건 부동산에 인접한 일단의 토지를 순차 매수한 후 1991. 9. 20 최종적으로 이 사건 부동산을 매수하고 같은 해 9. 30 잔대금을 지급하고서 이를 인도받은 후 서울특별시 교육감에게 수익용 기본재산 처분허가사항변경요청 등의 절차를 거쳐 1992. 8. 29 소유권이전등기를 마친 사실, 원고는 그 후 1993. 4. 8경 도시계획시설(학교)결정변경신청을 하여 같은 해 12. 27경 서울특별시장으로부터 도시계획시설(학교)변경결정을 통보받는 등 행정절차를 거쳐 1994. 11. 7 강당의 건축허가를 받고 소외 주식회사 ○○주택과 준공일을 1995. 12. 31로 한 건축공사도급계약을 체결하여 위 ○○주택이 1995. 1. 24 공사에 착공한 후 현재 강당을 신축중인 사실, 원고는 처음에는 서울 관악구 ○○동 26의 2 소재 임야의 매도대금과 법인기부금 등의 예산으로 강당부지를 마련하고 건축을 하려고 하였다가 그 계획이 확대변경되어 부지의 매입이 추가되고 협의매수에 시간이 많이 소요되게 됨에 따라 추가로 비용이 들어가 부지의 구입에만도 예산액의 약 85% 남짓이 소요되는 등 재정적 부담이 증가되자 강당부지로는 이 사건 부동산을 마지막으로 매수하였으면서도 그 후에 즉시 필요한 행정적 절차를 서둘러서 또는 일괄하여 밟아서 강당을 착공하지 못하고 늘어날 소요예산이 확보되기를 기다려 시간적 여유를 두고 천천히 필요한 행정적 절차를 밟아 나간 사실, 한편 원고는 이 사건 부동산을 매수하여 그 지상건물을 철거하고 그 대지를 강당신축부지의 일부로 사용할 계획이었기는 하나 서울 강서구 ○○동 366의 123 건물 및 대지 등과 이 사건 부동산을 인도받은 후 우선 학교체육특기자합숙소, 특별활동실 등의 용도로 사용해 오다가 이 사건 부동산 중의 건물을 제외한 나머지 건물들은 1992. 7.경 모두 철거하여 옹벽공사를 하였지만 이 사건 부동산 중의 2층 건물은 1993. 9.경 철거될 때까지 계속 이를 존속시키면서 아래층은 책걸상의 보수 등을 위한 영선실로, 2층은 원고의 기능직 직원으로서 야간학교 내외 순찰 및 경비를 담당하는 소외 송○일의 부동산을 매수 인도받아 숙소로 사용하도록 한 사실 등을 각 인정한 다음, 원고는 이 사건 부동산을 매수 인도받아 그 지상건물을 철거할 때까지 이를 학교의 특별활동교실, 야간경비를 위한 관리인의 숙소와 책걸상의 보수 등을 위한 작업실 및 그 부지로 사용한 이상 이는 그 고유목적에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는 한편, 원고가 이 사건 부동산을 취득한 것은 오로지 그 존립목적인 고등보통교육사업의 실시를 위하여 한 것이고, 다만 지방세법에 의하여 그 취득일로 간주되는 1991. 9. 30로부터 1년이 지날 동안 그에 대한 이전등기가 지연되었으며, 원고가 최초의 강당건축계획을 확대수정함에 따라 추가예산확보 등의 사유로 이 사건 부동산 취득 후 착공에 필요한 절차를 즉시 또는 일괄하여 밟지 아니하고 시차를 두어 절차가 진행되었더라도 강당부지의 취득으로부터 그 착공에 이르기까지의 일련의 과정을 전체적으로 파악할 때 원고는 일련의 필요절차를 진지하고 꾸준하게 밟아 나간 것으로 봄이 상당하다 할 것이니, 이와 같은 사정을 고려할 때 결국 원고는 이 사건 부동산을 그 목적사업에 직접 사용한 것이거나 또는 그 취득일로부터 1년 이내에 원래의 목적인 강당신축에 나아가지 못한데 정당한 사유가 있다고 판단하였음.
기록에 나타난 관계증거 및 위에서 본 법리에 비추어 보면, 원심의 위 사실인정과 판단은 옳다고 여겨지고, 거기에 소론과 같이 채증법칙 위배로 인한 사실오인 또는 심리미진이나, 지방세법시행령 제84조의 4 제1항 소정의 정당한 사유 또는 고유목적의 사용에 관한 법리오해 등의 위법은 없음.
소론이 내세우는 대법원 판결들은 모두 이 사건과 사안을 달리하는 것이어서 원심의 위와 같은 판단이 반드시 위 판례들에 반하는 것이라고 볼 수도 없음.
논지는 모두 이유없음.
그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자의 부담으로 하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결함.
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