학교법인이 교내 기숙사를 제3자에게 위탁하여 운영하더라도 그 정황상 달리 수익사업에 사용하고 있다고 볼 증거가 없는 경우에는 학교사업에 직접 사용하는 것으로 보아 취득세ㆍ등록세ㆍ농어촌특별세를 비과세함
【질의】
《사실관계 및 현황》
○ 2007. 7.30. : 학교 구내에 건물 신축(98,513.94㎡)
○ 2007 .8.23. : 취득세 등 비과세(용도구분에 대한 비과세)
⇒ 근거 : 지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호
○ 2008. 3. 3. : 기숙사 해당부분(건물 7,686.63㎡) 농특세 과세예고
⇒ 근거 : 지방세법 제272조 제6항
※ 기숙사는 구내에 위치하고 있으며, 위탁운영되고 있음.
(질의내용)
학교법인이 취득한 기숙사에 대한 취득세와 등록세를 비과세 또는 감면함에 있어서 농어촌특별세 비과세 여부와 관련하여 지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호를 적용하여 농어촌특별세를 비과세하여야 하는지 아니면 같은법 제272조 제6항의 규정에 의한 감면대상이 되어 농어촌특별세를 과세하여야 하는지 여부
【회신】
가. 지방세법 제107조 본문 및 제1호에서 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다고 규정하면서, 같은법 시행령 제79조 제1항 본문 및 제2호에서 초ㆍ중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 대통령령이 정하는 비영리사업자의 범위로 규정하고 있고,
나. 지방세법 제272조 제6항에서 고등교육법 제2조 제1호 내지 제5호의 규정에 의하여 설립된 학교가 기숙사로 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있는 한편,
다. 농어촌특별세법 제3조 본문 및 제1호에서 지방세법에 의하여 취득세 또는 등록세의 감면을 받는 자는 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다고 규정하고, 같은법 제4조 제12호 및 같은법 시행령 제4조 제6항 제5호의 규정에서 지방세법 제107조 제1호의 규정에 의한 감면에 대하여는 농어촌특별세를 비과세한다고 규정하고 있음.
라. 귀문의 경우 사립학교법에 의한 학교법인이 학교구내에 기숙사를 건축한 후 제3자에게 위탁하여 운영되고 있는 경우라면, 대법원 판례에서 “학교법인이 교육용 기본재산에 편입된 토지를 그 사업에 직접 사용한다고 함은 학교법인이 설치ㆍ경영하는 사립학교의 교지, 체육장과 같이 당해 토지의 사용용도가 학교법인의 교육용도에 직접 사용되는 것을 뜻한다고 보아야 할 것이다”라고 판결(94누224, 1994.10.28)하고 있고, “건물부분을 위탁관리하도록 하고 임대보증금 및 임대료를 지급받았다고 하더라도, 학생 및 교직원들의 후생복지시설로 운영되고 있고 그 임대차계약에 의하여 그로부터의 이탈이 엄격히 통제되고 있으며, 달리 임대사업으로서의 수익성이 있다거나 임대수익을 목적으로 한 것이라고 볼 증거가 없는 이상 이 사건 건물부분의 사용이 수익사업으로 되는 것은 아니라고 판단한 것은 정당하다”고 판결(2005두10255, 2006.12.7)하고 있음에 비추어 볼 때, 당해 학교법인에서 학교구내에 건축한 기숙사를 제3자에게 위탁하여 운영하고 있다고 하더라도 그 정황상 달리 수익사업에 사용하고 있다고 볼 증거가 없는 경우에 해당된다면 그 기숙사 시설은 학교법인이 학교사업에 직접 사용하는 것으로 보아 지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호, 농어촌특별세법 시행령 제4조 제6항 제5호의 규정을 적용하여 취득세ㆍ등록세 및 농어촌특별세를 비과세하여야 할 것으로 사료되나, 이에 해당하는지 여부는 당해 학교법인이 취득한 기숙사의 위치, 기숙사를 설치하여야 할 필요성, 취득하게 된 경위, 제3자에게 위탁 또는 임대 형식으로 관리ㆍ운영할 필요성과 합리성, 임대차계약의 내용, 기숙사의 이용대상, 이용가격 및 그 결정구조, 특히 학교법인에게 지급되는 금액이 당해 기숙사 이용가격의 결정에 미치는 영향과 학교법인과 제3자에 대한 관계 등을 종합적으로 확인하여 과세권자가 판단할 사항임.
Want to print your doc? This is not the way.
Try clicking the ⋯ next to your doc name or using a keyboard shortcut (
기숙사용 부동산