① 법 제50조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 기준”이란 다음 각 호의 어느 하나에도 해당하지 아니하는 경우를 말한다. (2011. 7. 25. 개정)
1. 해당 공익법인등의 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인등의 총 출연재산가액의 100분의 1에 해당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액 이하의 금액을 출연한 사람은 제외한다), 설립자(이하 이 항에서“출연자등”이라 한다) 또는 임직원(퇴직 후 5년이 지나지 아니한 사람을 포함한다)인 경우 (2013. 2. 15. 개정)
2. 출연자등과 제2조의 2 제1항 제1호 또는 제2호의 관계에 있는 사람인 경우 (2016. 2. 5. 개정)
3. 출연자등 또는 그가 경영하는 회사(해당 회사가 법인인 경우에는 출연자등이 최대주주등인 회사를 말한다)와 소송대리, 회계감사, 세무대리, 고문 등의 거래가 있는 사람인 경우 (2015. 2. 3. 개정)
4. 해당 공익법인등과 채권ㆍ채무 관계에 있는 사람인 경우 (2011. 7. 25. 개정)
5. 제1호부터 제4호까지의 사유 외에 해당 공익법인등과 이해관계가 있는 등의 사유로 그 직무의 공정한 수행을 기대하기 어렵다고 인정되는 사람인 경우 (2011. 7. 25. 개정)
6. 제1호(임직원은 제외한다) 및 제3호부터 제5호까지의 규정에 따른 관계에 있는 법인에 소속된 사람인 경우 (2011. 7. 25. 개정)
② 법 제50조 제1항 단서에서 “대통령령으로 정하는 공익법인등”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 공익법인 등을 말한다. (2010. 2. 18. 개정)
1. 법 제50조 제1항에 따라 외부전문가의 세무확인을 받아야 하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재 대차대조표상 총자산가액(부동산의 경우 법 제60조ㆍ제61조 및 제66조에 따라 평가한 가액이 대차대조표상의 가액보다 큰 경우에는 그 평가한 가액을 말한다)의 합계액이 5억원 미만인 공익법인 등. 다만, 해당 과세기간 또는 사업연도의 수입금액(해당 공익사업과 관련된 「소득세법」에 따른 수입금액 또는 「법인세법」에 따라 법인세 과세대상이 되는 수익사업과 관련된 수입금액을 말한다. 이하 이 조 및 제43조의 3 제2항 단서에서 같다)과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액의 합계액이 3억원 이상인 공익법인등은 제외한다. (2020. 2. 11. 개정)
2. 불특정다수인으로부터 재산을 출연받은 공익법인 등(출연자 1명과 그의 특수관계인이 출연한 출연재산가액의 합계액이 공익법인 등이 출연받은 총재산가액의 100분의 5에 미달하는 경우로 한정한다) (2013. 2. 15. 개정)
3. 국가 또는 지방자치단체가 재산을 출연하여 설립한 공익법인 등으로서 「감사원법」 또는 관련 법령에 따라 감사원의 회계검사를 받는 공익법인 등(회계검사를 받는 연도분으로 한정한다) (2013. 2. 15. 개정)
③ 법 제50조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 규모 미만인 공익법인등”이란 회계감사를 받아야 하는 과세기간 또는 사업연도의 직전 과세기간 또는 직전 사업연도의 총자산가액 등이 다음 각 호를 모두 충족하는 공익법인등을 말한다. 다만, 제41조의 2 제6항에 해당하는 공익법인등은 제외한다. (2021. 2. 17. 단서신설)
1. 과세기간 또는 사업연도 종료일의 재무상태표상 총자산가액(부동산인 경우 법 제60조ㆍ제61조 및 제66조에 따라 평가한 가액이 재무상태표상의 가액보다 크면 그 평가한 가액을 말한다)의 합계액이 100억원 미만일 것 (2020. 2. 11. 개정)
2. 해당 과세기간 또는 사업연도의 수입금액과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액의 합계액이 50억원 미만일 것 (2020. 2. 11. 개정)
3. 해당 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액이 20억원 미만일 것 (2020. 2. 11. 개정)
④ 법 제50조 제3항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 공익법인등”이란 제12조 제1호 또는 제2호의 사업을 하는 공익법인등을 말한다. 다만, 제41조의 2 제6항에 해당하는 공익법인등은 제외한다. (2021. 2. 17. 개정)
⑤ 법 제50조 제6항에 따른 외부전문가의 세무확인항목은 다음 각 호의 어느 하나에 따른다. (2021. 2. 17. 개정)
1. 출연받은 재산의 공익목적 사용여부 (1996. 12. 31. 개정)
2. 법 제48조ㆍ이 영 제37조 및 제39조에 따른 의무사항 이행여부 (2013. 2. 15. 개정)
3. (삭제, 2000. 12. 29.)
4. 그 밖에 공익목적 사업운영 등에 관하여 기획재정부령이 정하는 것 (2013. 2. 15. 개정)
⑥ 외부전문가의 세무확인을 받은 공익법인등은 그 결과를 기획재정부령이 정하는 보고서에 의하여 세무확인을 받은 해당 공익법인 등의 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 해당 공익법인 등을 관할하는 세무서장에게 보고하여야 한다. (2013. 2. 15. 개정)
⑦ 법 제50조 제3항에 따라 회계감사를 받은 공익법인등은 감사인이 작성한 감사보고서를 해당 공익법인등의 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 3개월 이내에 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 관할 세무서장은 제출받은 감사보고서를 일반인이 열람할 수 있도록 하여야 한다. (2010. 12. 30. 개정)
⑧ 법 제50조 제6항에 따른 세무확인절차ㆍ방법 및 외부감사를 위한 외부전문가 및 감사인의 선임ㆍ선임의 제한, 외부전문가의 의무, 세무확인서 및 세무확인기간 등 외부전문가의 세무확인 및 감사인의 외부감사에 필요한 세부사항은 기획재정부령으로 정한다. (2021. 2. 17. 개정)
공익법인등(영 제12조 각 호 외의 부분 본문에 따른 공익법인등을 말하며, 이하 “공익법인등”이라 한다)의 영 제38조 제4항부터 제7항까지, 제40조 제2항, 제41조 제1항, 제41조의 2 제5항ㆍ제7항, 제43조 제2항ㆍ제3항ㆍ제6항ㆍ제7항, 제43조의 2 제9항, 제43조의 3 제2항 및 제80조 제16항ㆍ제18항에 따른 과세기간 또는 사업연도는 해당 공익법인등에 관한 법률 또는 정관의 규정에 따르되, 과세기간 또는 사업연도가 따로 정해지지 않은 경우에는 매년 1월 1일부터 12월 31일까지로 한다. (2021. 3. 16. 개정)
공익법인세무확인 회계감사