비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 계상하지 아니하고 수익사업에서 생긴 소득을 해당 법인의 고유목적사업 등에 지출한 경우에는 고유목적사업준비금 한도액의 범위 내에서 당해 사업연도의 고유목적사업준비금으로 계상하여 즉시 사용한 것으로 보아 이를 손금산입할 수 있는바,쟁점조사금액 중 실제 고유목적사업에 지출한 사실이 나타나는 금액은 익금에서 제외하는 것이 타당함
【주문】
세무서장이 2004.7.15. 및 2014.8.25. 청구법인에게 한 2009 ~ 2013사업연도 법인세 합계 ○○○의 각 부과처분은 장례식장비 할인액 ○○○, 감가상각비 부인액 ○○○, 심리상담센터 수입누락금액 ○○○ 및 업무와 관련 없는 지급이자 ○○○ 합계 ○○○을 익금에서 제외하여 그 과세표준 및 세액을 각 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
【이유】
1. 처분개요
가. 청구법인은 「사립학교법」에 따라 설립된 비영리법인으로, 대학병원 운영 및 부동산임대 등 수익사업을 운영하고 있고, 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제3조의 규정에 의한 감사인의 회계감사를 받고 있으며, 「조세특례제한법」 제74조에 의해 수익사업에서 발생한 소득의 100％를 한도로 고유목적사업준비금으로 손금산입할 수 있어 과세연도별로 법인세 신고시 고유목적사업준비금을 이익처분에 의한 신고조정 방법으로 2008.3.1. ~ 2009.2.28.사업연도(이하 “2009사업연도”라 한다) ○○○, 2009.3.1. ~ 2010.2.28.사업연도(이하 “2010사업연도”라 한다) ○○○, 2010.3.1. ~ 2011.2.28.사업연도(이하 “2011사업연도”라 한다) ○○○, 2011.3.1. ~ 2012.2.28.사업연도(이하 “2012사업연도”라 한다) ○○○, 2012.3.1. ~ 2013.2.28.사업연도(이하 “2013사업연도”라 한다) ○○○ 합계 ○○○을 손금산입하고, 각 사업연도의 고유목적사업준비금 손금산입 한도초과액 ○○○씩 5개 사업연도 합계 ○○○을 손금불산입하여 신고하였다.
나. ○○○국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2014.4.7. ~ 2014.7.9.(2014.5.21. ~ 2014.7.7. 조사중지) 기간 동안 청구법인에 대한 법인세통합조사를 실시하여 2009 ~ 2013사업연도에 장례식장비 할인액을 접대비로 보아 한도초과액을 익금산입하는 등으로 과소신고 소득금액 ○○○(이하 “쟁점조사금액”이라 한다)을 조사하여 처분청에 과세하도록 조사내용을 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2004.7.15. 및 2014.8.25. 청구법인에게 2009 ~ 2013사업연도 법인세 합계 ○○○을 각 경정ㆍ고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.8.22. 및 2014.11.3. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 쟁점조사금액의 익금산입액 만큼 100％ 손금산입할 고유목적사업준비금○○○도 동시에 증가하여 과세표준의 변동이 없으므로 법인세를 과세할 수 없다.
(가) 학교법인의 경우에는 결산 및 신고조정 모두 각사업연도 소득의 100％를 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금에 산입할 수 있어○○○ 쟁점조사금액 만큼 각사업연도 사업소득이 증가하므로 손금산입할 고유목적사업준비금도 쟁점조사금액 만큼 증가하여 결국 과세표준에는 영향을 미치지 않는 것이며, 2004년 중부지방국세청장 및 2010년 ○○○국세청장의 세무조사시 이를 인정인바 있다.
「법인세 기본통칙」29-56…3에 고유목적사업준비금 한도초과액에 대하여 그 이후의 사업연도에 있어서 이를 손금으로 추인할 수 없다고만 규정하고 있으므로, 고유목적사업준비금은 손금으로 계상한 경우에 한하여 적용하는 것으로 최초 신고시 한도초과액을 설정하였고, 이후 세무조사 과정에서 소득금액이 증가되었으나, 증가금액이 당초 준비금 설정금액 범위내에 있다면 당해 연도 소득금액에 대하여는 손금으로 추인할 수 있는 것이다.
세무조사시 증액된 내용(수익적 지출처리 및 접대비한도 초과 등)도 고유목적사업에 직접 사용하는 등 기업회계와 세무회계의 차이 등에 의한 것으로 조세회피목적이 없었다.
(나) 당해 사업연도(2009, 2011, 2012)에는 처분가능이익이 없어 고유목적사업준비금을 적립하지 못한 것으로서 처분가능이익이 발생한 2010사업연도 및 2013사업연도에 전액을 적립하여 위반한 사실이 없으므로 법인세를 과세할 수 없는 것○○○이다.
「법인세법 기본통칙」61-98…1에 규정한 준비금 등의 손금계상특례 규정의 단서 조항에서 당해 사업연도의 처분가능이익이 없거나 부족한 경우에는 처분가능이익을 한도로 적립할 수 있으며, 그 부족액은 다음 사업연도 이후에 추가 적립(사외유출 방지 목적)하도록 되어 있으므로○○○ 당해 사업연도에는 처분가능이익이 없어 고유목적사업준비금을 적립하지 못한 것으로서 다음 <표1>과 같이 처분가능이익이 발생한 2010사업연도 및 2013사업연도에 전액을 적립하여 위반한 사실이 없으므로 법인세를 과세할 수 없다○○○.
조사청의 의견대로라면, 경정청구 등에 의한 경우 고유목적사업준비금 50％ 상당액에 대하여는 추가 적립되어 있지 않으므로 심판청구 등 불복과정에서 기각되어야 함에도 모두 인용되고 있는 것은 당해 사업연도가 아닌 처분가능이익이 발생한 연도에 추가 적립하면 되는 것이기 때문이다.
(다) 그 동안 국세청의 세무조사에 따른 조사결과통지 및 그 동안의 비과세 관행 등을 믿고 신고한 것이므로 「국세기본법」상 신의성실 및 세법해석의 원칙에 어긋난다.
또한, 2012년도 ○○○에서 발행한 책자에서도 학교법인은 향후 세무조사를 대비하여 고유목적사업준비금을 설정시 가급적이면 그 한도액을 초과하여 설정할 필요성이 있다고 기재되어 있어 모든 대학이 한도액을 초과하여 설정하여 왔으며, 2004년 ○○○국세청장 및 2010년 ○○○국세청장의 세무조사 당시에도 과세하지 않았으며, 그 동안 과세된 1건도 국세청 심사사례○○○에서 손금에 산입함이 없이 익금에 가산하여 법인세를 과세한 것은 잘못이라고 판단하여 인용결정한 사례만 있다.
(라) 고유목적사업준비금 한도액이 증가하여 처분가능이익을 한도로 추가 적립하여야 하나, 처분가능이익이 없어 이익처분에 의하여 추가로 적립할 수 없는 상태이므로, 고유목적사업준비금을 경정청구를 통하여 신고조정의 방법에 따라 손금에 산입할 수 있다는 조세심판원의 선결정례○○○를 보더라도 쟁점조사금액은 손금산입 대상임을 알 수 있다.
(2) 판매촉진을 위하여 사전에 정해진 사전협약에 따라 장례식장비를 할인해 준 경우 접대비로 볼 수 없다.
접대비란 기업활동의 원활한 기업의 신장을 도모하기 위하여 필요한 경비로서 기업체의 영업규모와 비례관계에 있으므로 이를 엄격하게 해석하여야 하고○○○, 명목여하에 불구하고 이와 유사한 성질의 비용으로서 법인의 업무와 관련하여 지출한 접대ㆍ교제 등을 위한 금액을 말하는 것이며, 법인이 사업을 위하여 지출한 비용 가운데 상대방이 사업과 관련 있는 자로서 접대 등의 행위에 의하여 사업관계자들과의 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모할 목적으로 지출하는 비용을 말하는 것○○○인바,
청구법인의 경우 의료수입ㆍ수의ㆍ음식판매 등의 수입증대를 위한 장례식장 활성화 계약에 따라 유관기관의 직원들에 대하여 장례식장 사용료만 10％ ~ 30％를 할인하여 주기로 사전협약 및 공고한 후 총 장례비용 중에서 장례식장 사용료만 할인(총 장례비용 중 약 11％ 정도 할인됨)하여 주는 경우에는 기업회계 및 세무회계 모두 매출에누리로 수입금액에서 제외하는 것이며, 사업과 관련 없는 자(1회성)에게 사전약정 기준에 의하여 장례비용을 할인해 준 경우에는 반복적인 사업과 친목을 두텁게 하여 원활한 거래관계를 유지하기 위하여 감액한 것이라고 하기 보다는 의료수입의 확대 등 판매촉진 등의 목적으로 장례식장 사용료를 할인(에누리)해 준 것이므로 접대비로 볼 수 없는 것○○○이다.
설령, 사전약정이 없다고 하더라도 「법인세법 시행령」 제35조에 의하면, 유관기관의 직원들은 청구법인과 사업과 관련 없는 자이므로 정상가액보다 전후 30％ 범위 초과분에 대하여만 접대비가 아닌 의제기부금으로 보아야 하나, 정상가액보다 30％ 범위 이내에 있는 경우에는 손금으로 인정되고 있는바, 이 건 장례식장비 할인가격이 시가의 30％ 범위 이내에 있으므로 기부금으로 보아 과세할 수 없다.
또한, 모든 결혼식장 및 장례식장의 경우에 모든 유관기관과 단체 협약을 하여 그 직원들에게 할인해 주고 있는 현실에서 지금까지 한번도 접대비로 보아 과세한 사례도 없을 뿐만 아니라 관련 예규도 생산되지 않는 등 이 건 장례식장비 할인금액은 접대비나 기부금으로 볼 수 없다.
(3) 쟁점조사금액 중 이미 고유목적사업비로 사용한 금액○○○에 대하여는 법인세를 과세할 수 없는 것이다.
「법인세법 시행령」 제56조 제6항에서 고유목적사업비로 직접 지출한 금액은 고유목적사업준비금에서 지출(사용)한 것으로 보도록 규정하고 있으므로 익금에 산입할 수 없다. 즉 사외유출된 사실이 없이 고유목적사업비에 사용하였기 때문에 익금에 산입하지 않는 것○○○이다.
즉, 의료법인의 의료기기 등 고정자산 취득비용은 자본적 지출이라고 하더라도 고유목적사업에 지출한 금액으로 보도록 되어 있고, 심리상담센터의 수입금액이 ○○○의 교비계좌로 입금된 경우 비영리사업(고유목적사업)에 지출(사용)한 것으로 보도록 되어 있으며, 업무무관 지급이자 손금불산입액○○○은 2010년 ○○○국세청장의 세무조사에서 적출된 것으로 이미 사용의무액에 포함되어 2011년에 고유목적사업비로 이미 집행되었으므로 이중으로 과세할 수 없다.
나. 처분청 의견
(1) 고유목적사업준비금 한도초과액 ○○○을 매년 수익사업 소득금액의 경정에 대비하여 임의적으로 신고조정에 의해 적립하고 있어 쟁점조사금액을 과세한 처분은 정당하다
(가) 준비금이라 함은 회사가 설정한 자본액을 초과하는 금액(이익이나 잉여금)을 장래에 생길지도 모르는 필요에 대비하기 위하여 회사에 적립해 두는 금액을 말하고, 「조세특례제한법」상 준비금은 원칙적으로 결산조정 사항이나 외부회계감사를 받는 비영리법인 등에게는 신고조정할 수 있도록 규정하고 있으며, 법인이 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 당해 준비금을 적립하는 경우 손비로 인정하고 있어「법인세법」상 준비금은 결산조정사항이다.
준비금은 장래에 생길지 모르는 필요에 대비하기 위하여 회사에 적립해 두는 금액을 말하는 것으로 청구법인은 당해 연도 고유목적사업에 지출한 금액을 기준으로 당해 연도에 고유목적사업준비금을 설정ㆍ사용하였고, 고유목적사업준비금 한도초과액 ○○○을 매년 수익사업 소득금액의 경정에 대비하여 임의적으로 신고조정에 의해 적립해 오고 있어 과세관청의 소득금액 경정에 대비하고 있는 것은 고유목적사업준비금 손금산입 제도의 입법취지에 부합하지 아니한 것으로서 납세자의 성실신고 의무를 해태한 것에 대한 제제 조치로 과소신고한 쟁점조사금액을 과세한 처분은 정당하다.
(나) 「법인세법」 제61조에서 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액에 상당하는 금액이 해당 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 보도록 규정하고 있는바, 청구법인은 2009사업연도 및 2011사업연도 ~ 2012사업연도 처분가능 이익이 발생하지 아니하여 준비금으로 적립한 금액이 없어 전년도 준비금 미사용 금액과 당해 연도 고유목적사업 지출액을 한도로 고유목적사업준비금을 손금산입하여야 하므로 임의로 손금산입한 ○○○에서 과소신고한 쟁점조사금액을 추가로 손금산입해야 한다는 청구법인의 주장을 인정할 수 없다.
(다) 청구법인은 과세관청의 청구법인에 대한 세무조사(2004년 및 2010년) 결과통지 및 그 동안의 비과세 관행을 믿고 신고한 것으로 「국세기본법」상 신의성실 및 세법해석의 원칙에 어긋난다고 주장하나, 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바, 이러한 신의성실의 원칙이나 「국세기본법」 제18조 제3항에서 규정하는 조세관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다 할 것이어서 이 건 처분은 세법적용의 판단착오를 바로잡은 것에 불과한 것이므로 신의성실의 원칙에 위배된다는 청구주장은 이유 없다.
(2) 청구법인은 장례식장의 수입증대를 위하여 장례식장 활성화 계획에 따라 의료수입 및 판매촉진을 위하여 유관기관 등 11개 유형에 대하여 10％ ~ 30％를 할인하여 주기로 사전협약 및 공고한 후 장례식장 사용료를 할인해 준 것으로 사전약정에 의한 장례식장비 할인액은 매출에누리에 해당되어 수입금액에서 제외되어야 한다고 주장하나, 매출에누리 등 판매부대비용은 일정기간의 거래수량이나 거래금액에 따라 매출액을 감액하는 것으로 「기업회계기준」 및 「법인세법」상 모두 수입금액에서 직접 차감하는 것으로 하고 있으나, 모든 거래처가 아닌 특정거래처에 한하여 임의로 할인 등을 해주거나 사전약정 또는 할인기준 등을 초과하여 할인하는 금액은 접대비로 구분하고 있다.
청구법인은 장례식장비 할인시 시설이용자 모두에게 장례비를 할인해 준 것이 아니라 제출한 장례식장 활성화 계약에 따라 유관기관 등 11개 유형에 포함된 특정인에 대하여 장례식장 사용료를 할인해 준 사실이 확인되며, 청구법인은 사업과 관련 없는 자에게 1회성으로 사전약정 기준에 의하여 장례비용을 할인해 준 경우로, 반복적인 사업과 친목을 두텁게 하여 원할한 거래관계를 유지할 목적으로 할인한 것이 아니라고 주장하나, 장례식장 사업 자체가 청구법인의 사업범위에 포함되어 있고, 유관기관 등 소속직원 개인의 경우 1회성 이용에 해당할 수 있지만 유관기관 전체적으로 보면 반복적인 할인에 해당되며, 청구법인이 운영 중인 대학병원에서 장례식장비와 유사한 진료비를 할인 및 감면해 준 경우 교직원 및 병원직원 가족이 감면받은 의료비에 대하여 근로소득으로, 제3자 등 불특정 다수인에 대하여는 접대비로 손금불산입하여 법인세를 신고한 사실이 확인되는바, 진료비 감면금액과 장례식장비 할인액을 달리 볼 이유는 없다 할 것이므로 청구법인이 특정 유관기관 등에 할인해 준 장례식장 사용료 할인액을 접대비로 본 것은 정당하다.
(3) 청구법인은 쟁점조사금액 중 접대비 한도초과액 및 무상임대 익금산입액을 제외한 금액은 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아야 하므로 법인세를 과세할 수 없다고 주장하나, 청구법인이 건물, 의료기기 등에 해당하는 자본적 지출, 심리상담센터에서 발생한 소득금액을 교비회계로 전입한 것을 청구법인의 주장과 같이 고유목적사업에 지출(사용)한 금액으로 보더라도「법인세법」 제61조에서 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액에 상당하는 금액이 해당 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 이를 당해 사업연도의 손금에 계상한 것으로 본다고 규정하고 있는바, 청구법인이 당초 법인세 신고시 세무조정계산서 등에 위 금액에 상당한 금액을 고유목적사업준비금으로 계상하지 않았다면 위 금액은 고유목적사업준비금으로 손금산입할 수 없는 것이기에 고유목적사업에 지출하여 법인세를 과세할 수 없다는 청구주장은 인정할 수 없다.
2010년 세무조사에서 경정한 업무와 관련 없는 자산 관련 지급이자 손금불산입액은 고유목적사업준비금 사용의무액에 포함되어 2011사업연도 고유목적사업비로 이미 집행되어 이를 다시 소급하여 과세할 수 없다고 주장하나, 이는 2009사업연도 소득금액계산시 고유목적사업준비금을 사용한 것으로 보아 손금산입하여 경정한 것을 손금불산입한 것으로 2011사업연도에 실제 고유목적사업에 사용하였다는 청구법인의 주장을 인정할 수 없다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
① 고유목적사업준비금 손금산입 한도를 초과하여 손금불산입된 금액에 대해 추후 소득금액 경정시 손금으로 추인할 수 있는지 여부
② 사전약정에 따라 장례식장비를 할인해 준 경우 접대비로 볼 수 있는지 여부
③ 쟁점조사금액 중 이미 고유목적사업비로 지출한 경우 익금에서 제외할 수 있는지 여부
나. 관련 법령 등
(1) 조세특례제한법
제74조【고유목적사업준비금의 손금산입특례】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2014년 12월 31일(제7호 바목 및 제9호의 경우에는 2015년 12월 31일) 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항 제4호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.
1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인
가. 「사립학교법」에 따른 학교법인
(2) 법인세법
제25조【접대비의 손금불산입】⑤ 제1항부터 제3항까지의 규정에서 “접대비”란 접대비 및 교제비, 사례금, 그 밖에 어떠한 명목이든 상관없이 이와 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 말한다.
제29조【고유목적사업준비금의 손금산입】① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.
4. 제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액
② 비영리내국법인이 제1항에 따라 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업 등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항을 적용한다.
제61조【준비금의 손금 계상 특례】① 내국법인이 「조세특례제한법」에 따른 준비금을 세무조정계산서에 계상하거나 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제3조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 제29조에 따른 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액에 상당하는 금액이 해당 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다.
(3) 법인세법 시행령
제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】③ 법 제29조 제1항 제4호에서 “수익사업에서 발생한 소득”이란 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조 제2항에 따른 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조 제1항 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 금액 및 법 제13조 제1호에 따른 결손금과 법 제24조 제2항에 따른 기부금을 뺀 금액을 말한다.
⑥ 법 제29조 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.
1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용(제31조 제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액
2. 특별법에 의하여 설립된 법인(당해 법인에 설치되어 운영되는 기금중 「국세기본법」 제13조의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험ㆍ연금관리ㆍ공제사업 및 제2조 제1항제8호에서 규정된 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액
3. 의료업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 “의료법인”이라 한다)이 의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액과 기획재정부령으로 정하는 연구개발사업을 위하여 지출하는 금액(이하 생략)
⑨ 법 제29조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 고유목적사업준비금조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
(4) 법인세법 시행규칙
제76조 【비영리법인의 구분경리】④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 「조세특례제한법」 제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인은 외부회계감사를 받은 법인으로 고유목적사업준비금을 신고조정으로 설정하면서 매년 ○○○을 초과 설정(손금계상)한 후 다시 ○○○을 손금불산입하여 결과적으로 각사업연도 소득금액의 100％를 설정한 것과 동일하게 2009사업연도 ~ 2013사업연도 중 법인세 과세표준을 0원으로 신고한 사실이 법인세 신고서에 나타난다.
(2) 각 사업연도별 쟁점조사금액은 다음 <표2>와 같으며, 감가상각비 부인액 ○○○은 의료기기 등 고정자산 취득비용으로 사용되었고, 심리상담센터 수입누락금액 ○○○은 ○○○의 교비계좌로 입금되었으며, 업무와 관련 없는 지급이자 ○○○은 학교시설 건축비 차입금에 대한 지급이자로 2010년 ○○○국세청의 세무조사에서 적출된 것으로 이미 사용의무액에 포함되어 2011년에 고유목적사업준비금을 비로 이미 집행되어 고유목적사업에 지출된 사실이 청구법인이 제시한 소명자료 등에 나타난다.
(3) 청구법인은 다른 학교법인에서도 오류 등 소득금액 경정에 대비하여 고유목적사업준비금 한도액을 초과하여 설정하였고, 이에 대하여 과세한 적이 없음에도 청구법인에게만 과세하였다고 주장하면서 공익법인 결산서류 등 공시시스템에 나타난 주요 대학의 수익사업 고유목적사업준비금 설정현황을 제시하였다.
(4) 청구법인이 제시한 수입증대를 위한 장례식장 활성화 계약(안), 장례식장 비용(시설사용료) 감액대상 및 감액률 관련 내부문서들에 의하면, 유관기관 등 11개 유형에 대하여 10％ ~ 30％를 할인하여 주기로 사전협약 및 공고한 후 장례식장 사용료만 할인하고 그 외 부수된 의료수입ㆍ수의ㆍ음식판매 등은 할인하지 아니하였고, 수입증대에 기여한 직원들에게 인센티브를 지급하거나 적극적인 마케팅계획 등이 나타나며, 처분청의 장례식장비 할인유형별 접대비 산정내역은 <표3>과 같다. 그리고, 청구법인은 조사 진행 중에 조사청의 권고에 따라 교직원 및 병원직원 가족이 감면받은 장례비에 대하여 근로소득으로 하여 근로소득세를 수정신고한 사실이 수정신고서 등에 나타난다.
(5) 조사청이 청구법인에 대한 세무조사 진행 중에 고유목적사업준비금 손금산입 한도초과액의 손금추인 가능 여부에 대하여 국세청장에게 과세기준자문 신청을 한 결과, 국세청장은 “「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제3조에 따라 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 「법인세법」 제61조에 따라 고유목적사업준비금(이하 ”준비금“이라 함)을 세무조정계산서에 계상하였으나, 처분가능 이익의 부족으로 준비금에 상당하는 적립금을 적립하지 못한 경우로서 해당 사업연도의 소득금액 계산시 손금산입 한도액을 초과하여 손금불산입된 금액은 이후 사업연도의 소득금액을 증액경정하는 경우 손금으로 추인할 수 없는 것이다”라고 회신함에 따라 이 건 법인세를 청구법인에게 과세한 사실이 조사서에 나타난다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 학교법인의 경우 결산 및 신고조정 모두 각사업연도 소득의 100％를 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금에 산입할 수 있어 쟁점조사금액 만큼 각 사업연도 사업소득이 증가하므로 손금산입할 고유목적사업준비금도 쟁점조사금액 만큼 증가하여 결국 과세표준에는 영향을 미치지 아니한다고 주장하나, 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제3조에 따라 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 「법인세법」 제61조에 따라 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상하였으나, 처분가능 이익의 부족으로 준비금에 상당하는 적립금을 적립하지 못한 경우로서 해당 사업연도의 소득금액 계산시 손금산입 한도액을 초과하여 손금불산입된 금액은 이후 사업연도의 소득금액을 증액경정하는 경우 손금으로 추인할 수 없는 점, 준비금은 장래에 생길지 모르는 필요에 대비하기 위하여 회사에 적립해 두는 금액을 말하는 것으로 청구법인은 당해 연도 고유목적사업에 지출한 금액을 기준으로 당해 연도에 고유목적사업준비금을 설정ㆍ사용하였고, 고유목적사업준비금 한도초과액을 매년 수익사업 소득금액의 경정에 대비하여 임의적으로 신고조정에 의해 적립해 오고 있어 고유목적사업준비금 손금산입 제도의 입법취지에 부합하지 아니한 점 등에 비추어 쟁점조사금액 상당액이 이미 세무조정으로 고유목적사업준비금 한도초과로 손금불산입한 금액 이내이므로 손금추인 대상이라는 청구주장을 처분청이 받아들이지 아니한 것은 잘못이 없다고 판단된다.
(7) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.
「법인세법」상 접대비란 법인이 사업을 위하여 지출한 비용 중 상대방이 사업과 관계가 있는 자들이고 지출목적이 접대 등의 행위에 의하여 사업관계자 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하고자 무상으로 지출한 것을 말하므로, 접대비의 요건으로는 지출의 상대방이 당해 법인의 사업과 관계있는 자일 것, 지출의 목적이 사업관계자에게 접대, 향응, 위안, 선물 기타 이에 유사한 행위를 함으로써 그와의 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하려는데 있을 것 등을 들 수 있고, 지출 목적이 위와 같은지 여부는 지출의 동기, 금액, 형태, 효과 등의 구체적인 사정을 종합하여 판단하여야 할 것○○○인바,
청구법인의 경우 의료수입ㆍ수의ㆍ음식판매 등의 수입증대를 위한 장례식장 활성화 계약에 따라 유관기관의 직원들에 대하여 10％ ~ 30％를 할인하여 주기로 사전협약 및 공고한 후 장례식장 사용료만 할인하고 나머지 장례비용은 할인하지 아니한 점, 사업관계자와 친목을 두텁게 하여 원활한 거래관계를 유지하기 위하여 할인한 것이라고 하기 보다는 의료수입 확대 등 판매촉진 등의 목적으로 장례비 사용료를 할인해 준 것○○○으로 보이는 점, 사업과 관련 없는 유관기관 임직원 등은 「법인세법」상 특수관계자가 아니므로 할인금액이 시가의 30％ 범위를 초과한 경우 의제기부금으로 볼 수 있으나 접대비로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 장례식장 할인액을 접대비로 본 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
(8) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.
「법인세법」 제29조 제2항에서 고유목적사업준비금 잔액을 초과하여 고유목적사업에 지출한 금액의 경우 그 금액을 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보도록 규정하고 있는바, 비영리내국법인이 같은 법 제29조 제1항에 따른 고유목적사업준비금을 계상하지 아니하고 수익사업에서 생긴 소득을 해당 법인의 고유목적사업 등에 직접 지출한 경우에는 고유목적사업준비금 한도액의 범위 내에서 당해 사업연도의 고유목적사업준비금으로 계상하여 즉시 사용한 것으로 보아 이를 손금산입할 수 있다 할 것이므로 쟁점조사금액 중 실제 고유목적사업에 지출한 사실이 나타나는 감가상각비 부인액 ○○○, 심리상담센터 수입누락금액 ○○○ 및 업무와 관련 없는 지급이자 ○○○ 합계 ○○○을 익금에서 제외하여 이 건 법인세의 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
😗 처분가능이익이 부족하여 준비금을 적립하지 못하여 환입하는 경우의 처리 방법
📚 서면인터넷방문상담2팀-1957, 2005.11.3.
[제목]
고유목적사업준비금을 신고조정으로 손금산입한 외부회계감사대상 비영리내국법인이 처분가능이익이 없어 당해 준비금을 적립하지 못하여 환입계상하는 경우 익금에 산입하고 이자상당액을 가산하여 납부하는 것임
【질의】
(사실관계)
ｏ 당 법인은 외부회계감사대상인 비영리공익법인(사립학교법인)으로 조세특례제한법 제74조의 규정에 의거 수익사업소득의 100％를 고유목적사업준비금으로 설정할 수 있는 법인임.
ｏ 수익사업소득의 100％를 고유목적사업준비금으로 손금에 가산하므로 항상 이익잉여금처분계산서상 처분가능이익이 없어 2004사업연도까지 당해 준비금을 적립하지 못하고, 누적결손금으로 보아 5년 내에는 적립이 불가능한 실정임.
ｏ 고유목적사업준비금을 환입하는 경우 법인세와 기간이자 상당액을 납부해야 하므로 이를 조기(2005사업연도)에 환입하고자 함.
(질의내용)
ｏ 법인세법 제61조의 규정에 의하여 신고조정에 의하여 손금산입한 고유목적사업준비금도 5년이 경과되기 이전에 환입이 가능한 지 여부
ｏ 신고조정에 의하여 손금산입한 고유목적사업준비금을 환입하는 경우
(1) 환입하는 사업연도의 익금으로 보아 법인세를 납부하는지
(2) 신고조정에 의하여 손금산입한 사업연도에 손금불산입하여 법인세 등을 수정신고하여야 하는지.
【회신】
고유목적사업준비금을 신고조정으로 손금에 산입한 외부회계감사대상인 비영리내국법인이 처분가능이익이 없어 당해 준비금을 적립하지 못하여 환입 계상하는 경우에는 「법인세법」 제29조 제3항 및 같은법 기본통칙 29-56…5의 규정에 의하여 환입한 사업연도의 익금에 산입하고, 이자상당액은 같은법 같은조 제4항에 의하여 당해 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 하는 것임.
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고유목적사업준비금환입
